R语言 GeneticsPed包 geneFlowT()函数中文帮助文档(中英文对照)

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geneFlowT(GeneticsPed)
geneFlowT()所属R语言包：GeneticsPed

                                        Gene and gamete flow matrices
                                         基因和配子流矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

geneFlowT and geneFlowTinv creates gene flow matrix (T) and its inverse (Tinv), while gameteFlowM creates gamete flow matrix (M). mendelianSamplingD creates a mendelian sampling covariance matrix (D).
geneFlowT和geneFlowTinv创建的基因流矩阵（T）和它的逆（TINV），而gameteFlowM创建配子流矩阵（M）。 mendelianSamplingD创建一个的孟德尔采样协方差矩阵（四）。


用法----------Usage----------



geneFlowT(x, sort=TRUE, names=TRUE, ...)
geneFlowTinv(x, sort=TRUE, names=TRUE, ...)
gameteFlowM(x, sort=TRUE, names=TRUE, ...)
mendelianSamplingD(x, matrix=TRUE, names=TRUE, ...)




参数----------Arguments----------

参数：x
Pedigree
系谱


参数：sort
logical, for the computation the pedigree needs to be sorted, but results are sorted back to original sorting (sort=TRUE) or not (sort=FALSE)
计算逻辑，系谱需要进行排序，但结果进行排序回原来的排序（排序= TRUE），或不（排序为FALSE）


参数：names
logical, should returned matrix have row/colnames; this can be used to get leaner matrix
逻辑，应返回矩阵有行/ colnames;这可以用来得到精简的矩阵


参数：matrix
logical, should returned value be a diagonal matrix or a vector
逻辑，返回值应该是一个对角矩阵或向量


参数：...
arguments for other methods
为其他方法的参数


Details

详情----------Details----------

geneFlowT returns a matrix with coefficients that show the flow of genes from one generation to the next one etc. geneFlowTinv is simply the inverse of geneFlowT, but calculated as I - M, where M is gamete flow matrix with coefficients that represent parent gamete contribution to their offspring. mendelianSamplingD is another matrix (D) for construction of relationship additive matrix via decomposition i.e. A=TDT' (Henderson, 1976). Mrode (2005) has a very nice introduction to these concepts.
“geneFlowT返回系数矩阵表明从一代的基因流的下一个等geneFlowTinv很简单逆geneFlowT，但I - M计算，其中M是配子流量矩阵系数表示父母配子贡献他们的后代。 mendelianSamplingD是另一个矩阵（D）的关系，通过分解即A=TDT'（恒基兆业，1976年）矩阵施工添加剂。 mrode（2005年）有一个非常好的介绍这些概念。

Take care with sort=FALSE, names=FALSE. It is your own responsibility to assure proper handling in this case.
sort=FALSE, names=FALSE采取照顾。这是你自己的责任，以保证在这种情况下，妥善处理。


值----------Value----------

Matrices of n * n dimension, with coeficients as described in the
n * n维矩阵的coeficients中所述


作者（S）----------Author(s)----------


Gregor Gorjanc



参考文献----------References----------

numerator relationship matrix used in prediction of breeding values. Biometrics 32(1):69-83
values. 2nd edition. CAB International. ISBN 0-85199-000-2 http://www.amazon.com/gp/product/0851990002

参见----------See Also----------

Pedigree, relationshipAdditive,
Pedigree，relationshipAdditive


举例----------Examples----------


  data(Mrode2.1)
  Mrode2.1$dtB <- as.Date(Mrode2.1$dtB)
  x2.1 <- Pedigree(x=Mrode2.1, subject="sub", ascendant=c("fat", "mot"),
                   ascendantSex=c("M", "F"), family="fam", sex="sex",
                   generation="gen", dtBirth="dtB")

  fractions(geneFlowT(x2.1))
  fractions(geneFlowTinv(x2.1))
  fractions(gameteFlowM(x2.1))
  mendelianSamplingD(x2.1)

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