R语言 GeneticsDesign包 GPC()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

GPC(GeneticsDesign)
GPC()所属R语言包：GeneticsDesign

                                        Genetics power calculator for linear trend association studies
                                         线性趋势关联研究遗传学的功率计算器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Genetics power calculator for linear trend association studies.
线性趋势关联研究遗传学的功率计算器。


用法----------Usage----------


  GPC(pA, pD, RRAa, RRAA, r2, pB,
              nCase=500, ratio=1, alpha=0.05, quiet=FALSE)
  GPC.default(pA, pD, RRAa, RRAA, Dprime, pB,
              nCase=500, ratio=1, alpha=0.05, quiet=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：pA
High risk allele frequency (A).
高风险的等位基因频率（A）。


参数：pD
Disease prevalence.
疾病的发病率。


参数：RRAa
Genotype relative risk (Aa) = RR(Aa|aa)=Pr(D|Aa)/Pr(D|aa).
基因型相对风险（Aa）=RR(Aa|aa)=Pr(D|Aa)/Pr(D|aa)。


参数：RRAA
Genotype relative risk (AA) = RR(AA|aa)=Pr(D|AA)/Pr(D|aa).
基因型相对风险（AA）=RR(AA|aa)=Pr(D|AA)/Pr(D|aa)。


参数：r2
LD measure. Assume that D > 0.
劳工处措施。假设，D > 0。


参数：Dprime
LD measure.
劳工处措施。


参数：pB
Marker allele frequency (B).
标记等位基因频率（B）。


参数：nCase
Number of cases.
情况数目。


参数：ratio
Control:case ratio = nControl/nCase.
控制：情况比= nControl/nCase。


参数：alpha
User-defined type I error rate.
用户定义的I型错误率。


参数：quiet
Print some intermediate results if quiet=FALSE.
如果quiet=FALSE打印一些中间结果。


Details

详情----------Details----------

The power is for the test that disease is associated with a marker, given high risk allele frequency (A), disease prevalence, genotype relative risk (Aa), genotype relative risk (AA), LD measure (D' or r^2), marker allele frequency (B), number of cases, control:case ratio, and probability of the Type I error. The linear trend test (Cochran 1954; Armitage 1955) is used.
权力是疾病与标记关联的测试，高风险的等位基因频率（A），疾病的患病率，基因型相对风险（Aa），基因型相对危险性（AA ），劳工处措施（D'或r^2），标记等位基因频率（B），情况数量，控制比例的情况下，I型错误的概率。使用的线性趋势检验（科克伦1954年，阿米蒂奇1955年）。


值----------Value----------


参数：power
The estimated power for the association test.
估计电力协会测试。


参数：ncp
Non-centrality parameter.
非核心参数。


参数：mat.para
A matrix of case-control parameters, including number of cases, number of controls, high risk allele frequency, prevalence, genotypic relative risk (Aa), genotypic relative risk (AA), genotypic risk for aa (baseline).
的情况下，控制参数，包括数量的情况下，控制数量，高风险的等位基因频率，患病率，基因型相对危险性（Aa），基因型相对危险度（AA），基因型风险矩阵aa（基线）。


参数：mat.B
A matrix of marker locus B parameters, including marker allele frequency, linkage disequilibrium (D'), penetrance at marker genotype bb, penetrance at marker genotype Bb, penetrance at marker genotype BB, genotypic odds ratio Bb, genotypic odds ratio BB.
矩阵的标记位点B参数，包括标记等位基因频率，连锁不平衡（D'），在标记基因型外显bb，在标记基因型外显Bb，渗透率在标记基因型BB，基因型的比值比Bb，基因型的比值比BB。


参数：mat.aFreq
A 2 by 2 matrix of expected allele frequencies Pr(B|D), Pr(b|D), Pr(B|non D), Pr(b|non D).
2级矩阵的预期等位基因频率Pr(B|D), Pr(b|D), Pr(B|non D), Pr(b|non D)。


参数：mat.gFreq
A 3 by 2 matrix of expected genotype frequencies Pr(BB|D), Pr(Bb|D), Pr(bb|D), Pr(BB|non D), Pr(Bb|non D), Pr(bb|non D).
3 2矩阵的预期基因型频率Pr(BB|D), Pr(Bb|D), Pr(bb|D), Pr(BB|non D), Pr(Bb|non D), Pr(bb|non D)。


参数：mat.stat
Power estimates for a sequence of Type I errors.
功率估计为I型错误的序列。


作者（S）----------Author(s)----------



Weiliang Qiu <a href="mailto:stwxq@channing.harvard.edu">stwxq@channing.harvard.edu</a>,
Ross Lazarus <a href="mailto:ross.lazarus@channing.harvard.edu">ross.lazarus@channing.harvard.edu</a>




参考文献----------References----------

Tests for linear trends in proportions and frequencies.  Biometrics, 11, 375-386.
Some methods for strengthening the common chi-squared tests.  Biometrics, 10, 417-451.
Power and sample size calculations for case-control genetic association tests when errors are present: application to single nucleotide polymorphisms.  Hum. Hered., 54:22-33.
PAWE-3D: visualizing Power for Association With Error in case/control genetic studies of complex traits.  Bioinformatics, 21:3935-3937.
Genetic Power Calculator: design of linkage and association genetic mapping  studies of complex traits.  Bioinformatics, 19(1):149-150.
Statistics in Human Genetics. Arnold Applications of Statistics.

举例----------Examples----------


  res1<-GPC(pA=0.05, pD=0.1, RRAa=1.414, RRAA=2, r2=0.9, pB=0.06,
                   nCase=500, ratio=1, alpha=0.05, quiet=FALSE)

  res2<-GPC.default(pA=0.05, pD=0.1, RRAa=1.414, RRAA=2, Dprime=0.9, pB=0.06,
                   nCase=500, ratio=1, alpha=0.05, quiet=FALSE)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。