RankingLimma(GeneSelector)
RankingLimma()所属R语言包：GeneSelector
Ranking based on the 'moderated' t statistic
综合“缓和”的t统计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The 'moderated' t statistic is based on a Bayesian hierarchical model which is estimated by an empirical Bayes approach (Smyth et al., 2003). The function is a wrapper to the functions fitLm and eBayes implemented in the limma package.
基于贝叶斯层次模型估计经验Bayes方法（史密斯等人，2003年）是由放缓t统计。该函数是一个函数的包装fitLm和eBayeslimma包中实现的。
用法----------Usage----------
RankingLimma(x, y, type = c("unpaired", "paired", "onesample"), gene.names = NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
A matrix of gene expression values with rows corresponding to genes and columns corresponding to observations or alternatively an object of class ExpressionSet.<br> If type = paired, the first half of the columns corresponds to the first measurements and the second half to the second ones. For instance, if there are 10 observations, each measured twice, stored in an expression matrix expr, then expr[,1] is paired with expr[,11], expr[,2] with expr[,12], and so on.
一个matrix基因表达值与相应的基因和相应的意见，或者一个对象类ExpressionSet。参考列的行，如果type = paired上半年，列对应第一次测量和下半年第二。例如，如果有10个观测，每个测两次，表达矩阵expr，则expr[,1]expr[,11]，expr[,2]搭配expr[,12]存储 ，等等。
参数：y
If x is a matrix, then y may be a numeric vector or a factor with at most two levels.<br> If x is an ExpressionSet, then y is a character specifying the phenotype variable in the output from pData.<br> If type = paired, take care that the coding is analogously to the requirement concerning x
x如果是一个矩阵，然后y可能是一个numeric矢量或在大多数两个级别的一个因素。参考如果x是ExpressionSet ，然后y是pData。参考型变量指定输出的字符，如果type = paired，照顾编码类似的要求是关于x
参数：type
"unpaired":two-sample test.
“未成”：两样本测试。
"paired":paired test. Take care that the coding of y is correct (s. above)
“配对”配对测试。照顾y编码是正确的（与上述）
"onesample":y has only one level. Test whether the true mean is different from zero.
“onesample”：y只有一个级别。测试是否是真正的平均异于零。
参数：gene.names
An optional vector of gene names.
一个基因名称可选的向量。
参数：...
Further arguments passed to the function eBayes, for instance the prior probability for differential expression. Consult the help of the limma package for details
进一步的参数传递给函数eBayes，例如差异表达的先验概率。 limma包的详细信息，帮助咨询
值----------Value----------
An object of class GeneRanking.
对象类GeneRanking。
作者（S）----------Author(s)----------
Martin Slawski <br>
Anne-Laure Boulesteix
参考文献----------References----------
Statistical issues in microarray data analysis.
参见----------See Also----------
RepeatRanking, RankingTstat, RankingFC, RankingWelchT, RankingWilcoxon, RankingBaldiLong, RankingFoxDimmic, RankingEbam, RankingWilcEbam, RankingSam, RankingShrinkageT, RankingSoftthresholdT,
RepeatRanking，RankingTstat，RankingFC，RankingWelchT，RankingWilcoxon，RankingBaldiLong，RankingFoxDimmic，RankingEbam，RankingWilcEbam，RankingSam，RankingShrinkageT，RankingSoftthresholdT
举例----------Examples----------
### Load toy gene expression data[＃负载玩具基因表达数据]
data(toydata)
### class labels[＃＃类的标签]
yy <- toydata[1,]
### gene expression[＃＃基因表达]
xx <- toydata[-1,]
### run RankingLimma[＃运行RankingLimma]
limma <- RankingLimma(xx, yy, type="unpaired")
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发表于 2012-2-25 19:03:50
