R语言 GeneSelector包 GeneSelector-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GeneSelector-package(GeneSelector)
GeneSelector-package()所属R语言包：GeneSelector

                                        Stability and aggregation of ranked gene lists
                                         排名基因列表的稳定性和聚集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The term 'GeneSelector' refers to a filter selecting those genes which are consistently identified as differentially expressed using various statistical procedures. 'Selected' genes are those present at the top of the list in various featured ranking methods (currently 14). In addition, the stability of the findings can be taken into account in the final ranking by examining perturbed versions of the original data set, e.g. by leaving samples, swapping class labels, generating bootstrap
“GeneSelector”是指一个过滤器，选择那些一贯使用各种统计程序的差异表达基因。 “选定的基因是那些目前在中的各种功能（目前为14）的排名方法的列表的顶部。此外，稳定的结果，可以采取的最终排名，考虑扰动通过检查原始数据集的版本，例如留样本，交换类的标签，生成引导


Details

详情----------Details----------

Important steps of the workflow:
工作流程的重要步骤：




1. Generate a Gene Ranking with RankingTstat, RankingFC, RankingWelchT, RankingWilcoxon, RankingBaldiLong, RankingFoxDimmic,  RankingLimma, RankingEbam, RankingWilcEbam, RankingSam, RankingShrinkageT,
1。生成基因的排名，与RankingTstat，RankingFC，RankingWelchT，RankingWilcoxon，RankingBaldiLong，RankingFoxDimmic，RankingLimma，RankingEbam，RankingWilcEbam，RankingSam，RankingShrinkageT




2. Inspect the toplist using toplist.
2。检查toplist使用toplist。




3. Prepare altered datasets using GenerateFoldMatrix or
3。准备使用GenerateFoldMatrix或改变集




4. Get rankings for the altered datasets with RepeatRanking.
4。获得与RepeatRanking改变数据集的排名。




5. Assess stability of rankings using GetStabilityOverlap,
5。评估使用GetStabilityOverlap排名稳定，




6. Aggregate different rankings with AggregateSimple, AggregatePenalty, AggregateMC or
6。与AggregateSimple，AggregatePenalty，AggregateMC或总结不同排名




7. Inspect the similarity of methods visually using HeatmapRankings.
7。检查相似的视使用HeatmapRankings的方法。




8. Run the GeneSelector.
8。运行的GeneSelector。


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Slawski <a href="mailto:ms@cs.uni-sb.de">ms@cs.uni-sb.de</a>, <br>
Anne-Laure Boulesteix <a href="mailto:boulesteix@ibe.med.uni-muenchen.de">boulesteix@ibe.med.uni-muenchen.de</a>

Maintainer: Martin Slawski <a href="mailto:ms@cs.uni-sb.de">ms@cs.uni-sb.de</a>.


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