R语言 geneplotter包 plotChr()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotChr(geneplotter)
plotChr()所属R语言包：geneplotter

                                        Plot Smoothed Sense/Anti-sense of Specified Chromosomes
                                         图平滑感/反义指定染色体

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

For a given chromosome, plot the smooths of the sense and the  anti-sense from 5' to 3' (left to right on x-axis).
对于一个给定的染色体，图平滑的意识，从5至3反义（x轴左到右）。


用法----------Usage----------


plotChr(chrN, senseObj, cols = rep("black", length(senseObj[[1]])), log = FALSE, xloc = c("equispaced", "physical"), geneSymbols = FALSE, ngenes = 20, lines.at = NULL, lines.col = "red")



参数----------Arguments----------

参数：chrN
The desired chromosome, e.g. for humans it would be a character string in the set of c(1:22, "X", "Y").
所需的染色体，例如：人类将是一个字符串在C组（1:22，“X”，“Y”）。


参数：senseObj
The result of Makesense.
Makesense的结果。


参数：cols
A vector of colors for the lines in the plot, typically specified according to a certain pheotype of samples.
向量的图线的颜色，通常根据一定的样本pheotype指定。


参数：log
Logical, whether log-transformation should be taken on the smoothed expressions.
log转型的逻辑，是否应采取平滑表达式。


参数：xloc
Determines whether the "Representative Genes"  will be displayed according to their relative  positions on the chromosome (physical), or spaced  evenly (equispaced).  Default is equispaced.
“决定是否”代表基因根据它们的相对位置的染色体（物理），或均匀分布（均布）将显示。默认是均布。


参数：geneSymbols
Logical, whether to use Affy IDs or  Gene Symbols for "Representative Genes", default is  Affy IDs.
逻辑，是否使用“代表基因”Affy ID或基因符号，默认是Affy标识。


参数：ngenes
Desired number of "Representative Genes". The  number of actual displayed genes may differ.
“代表基因”所需的数量。实际显示基因的数量可能会有所不同。


参数：lines.at
A vector of Affy IDs. Vertical lines will  be drawn at specified genes.
Affy ID的向量。垂直线将绘制在指定的基因。


参数：lines.col
A vector of colors associated with  lines.at.
lines.at颜色向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Robert Gentleman and Xiaochun Li



参见----------See Also----------

Makesense
Makesense


举例----------Examples----------


example(Makesense)

if (interactive())
  op <- par(ask=TRUE)

cols <- ifelse(expressionSet133a$cov1=="test 1", "red", "green")
plotChr("21", esetobj, cols)

# plot on log-scale:[图log规模：]

plotChr("21", esetobj, cols, log=TRUE)

# genesymbol instead of probe names:[探针名称genesymbol：]

plotChr("21", esetobj, cols, log=TRUE, geneSymbols=TRUE)

# add vertical lines at genes of interest:[添加垂直线，感兴趣的基因：]

gs <- c("220372_at", "35776_at", "200943_at")
plotChr("21", esetobj, cols, log=TRUE, geneSymbols=FALSE, lines.at=gs)

# add vertical lines at genes of interest[添加垂直线，感兴趣的基因]
# with specified colors:[指定的颜色：]

gs <- c("220372_at", "35776_at", "200943_at")
cc <- c("blue", "cyan","magenta")
plotChr("21", esetobj, cols, log=TRUE, geneSymbols=FALSE, lines.at=gs,
lines.col=cc)
if (interactive())
  par(op)

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