R语言 geneplotter包 alongChrom()函数中文帮助文档(中英文对照)

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alongChrom(geneplotter)
alongChrom()所属R语言包：geneplotter

                                        A function for plotting expression data from an ExpressionSet for a
                                         为图从为ExpressionSet表达数据的函数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a particular ExpressionSet object, a chromLocation object, and a chromosome name, will plot selected ExpressionSet data using various methods.
鉴于一个特别ExpressionSet对象，chromLocation对象，和染色体的名字，将绘制选择使用各种方法ExpressionSet数据。


用法----------Usage----------


   alongChrom(eSet, chrom, specChrom,  xlim, whichGenes,
   plotFormat=c("cumulative", "local","image"),
   xloc=c("equispaced", "physical"),
   scale=c("none","zscale","rankscale","rangescale","zrobustscale"),
   geneSymbols=FALSE, byStrand=FALSE, colors="red", lty=1, type="S",



参数----------Arguments----------

参数：eSet
The ExpressionSet object to be used.
要使用ExpressionSet对象。


参数：chrom
The desired chromosome.
所需的染色体。


参数：specChrom
An object of type chromLocation for the species being represented.
种类型chromLocation对象代表。


参数：xlim
A pair of values - either character or integer, which will denote the range of genes to display (based on base pair: either directly in the case of integers, or using the locations of the named genes if character).  If not supplied, the entire chromosome is used.
一对值 - 无论是字符或整数，这将表示基因的范围，以显示（基于碱基对的：直接在整数的情况下，如果字符命名的基因的位置）。如果没有提供，用于整个染色体。


参数：whichGenes
If supplied, will limit the displayed genes to the ones provided in this vector.
如果提供，会限制在此向量中所提供的显示基因。


参数：xloc
Determines whether the X axis points (gene names) will be displayed according to their relative position on the chromosome (physical), or spaced evenly (equispaced).  Default is equispaced.
确定是否将根据其对染色体（物理），或均匀分布（均布）的相对位置显示X轴点（基因名称）。默认是均布。


参数：plotFormat
Determines the method which to plot the data.
确定的方法来绘制数据。


参数：scale
Determines what method of scaling will be applied to the data.  Default is none.
确定什么样的缩放方法将被应用到的数据。默认为无。


参数：geneSymbols
Notes whether to use Affy IDs or Gene Symbols, default is Affy IDs
票据是否使用的Affy标识或基因符号，默认是Affy标识


参数：byStrand
Determines whether to show the entire plot at once, or a split plot by strands.  Default is a singular plot
决定是否显示由股整个图，一次或分裂图。默认情况下是一种奇异的图


参数：lty
A vector of line types, which will be cycled.  
一个行类型的向量，这将被循环。


参数：type
Plot type, from par.  Defaults to "S".
图类型，票面。默认的“S”。


参数：colors
A vector of colors for the plots, which will be cycled.
图的颜色向量，这将是循环。


参数：...
Any remaining graphics commands may be passed along as per plot()
任何剩余的图形命令可以通过沿每小区（）


Details

详情----------Details----------

The genes on the chromosome of interest are extracted from the chromLocation object passed in, which are then intersected with the genes listed in the ExpressionSet.  These remaining genes will then be plotted according to the plotFormat argument.  If image is specified, an image plot is created showing the expression levels of the samples by gene, using a colour map to denote the levels.  If cumulative is chosen, the cumulative expression level is plotted against the genes for each sample.  Likewise, if local is used, the raw data is plotted for each sample against the genes using a boxplot format.
利益染色体上的基因提取chromLocation传入的对象，然后再在ExpressionSet上市的基因相交。这些剩余的基因，然后将被绘制根据plotFormat论点。如果image指定，影像图显示样品的基因表达水平，使用彩色图来表示水平。 cumulative如果选择，累计绘制对每个样品的基因表达水平。同样，如果local使用，对每个使用一个盒形图格式的基因样本绘制的原始数据。

Not all parameters are honored for all plotformats.  xloc, lty, and type are only used with the cumulative plotformat.
并不是所有的参数很荣幸所有plotformats。 xloc，lty和typecumulativeplotformat的使用。


作者（S）----------Author(s)----------


Jeff Gentry



举例----------Examples----------


   data(sample.ExpressionSet)
   ## A bit of a hack to not have a package dependency on hgu95av2[＃一个黑客位没有上hgu95av2包依赖]
   ## but need to fiddle w/ the warn level to not fail the example anyways.[＃但需要摆弄W / WARN级别不失败的例子反正。]
   curWarn <- options(warn=0)
   on.exit(options(curWarn), add=TRUE)
   if (require("hgu95av2.db")) {
      z <- buildChromLocation("hgu95av2")
      lty <- c(1, 2, 3, 4, 5)
      cols <- c("red", "green", "blue", "orange", "magenta", "black")
      cols <- cols[sample.ExpressionSet$type]
      if (interactive()) {
         par(ask=TRUE)
      }

      ## Here we're using xlim to denote a physical region to display[＃这里我们使用xlim表示物理区域，以显示]
      xlim <- c(87511280,127717880)
      for (xl in c("equispaced", "physical"))
        for (sc in c("none","rangescale"))
        {
           alongChrom(sample.ExpressionSet, "1", z, xlim=xlim, xloc=xl,
              plotFormat="cumulative", scale=sc,lty=lty, colors=cols)
        }

     ## Here we're looking for specific genes[＃在这里，我们正在寻找特定的基因]
     which <- c("31540_at","31583_at", "31508_at", "31529_at", "31439_f_at",
               "31729_at")
     ## Gene "31529_at" does not exist in the current set of genes,[＃基因“31529_at”不存在，在目前的基因组]
     ## here it demonstrates how genes not available are dropped.[＃这里它演示了如何不可用基因被丢弃。]
      for (xl in c("equispaced", "physical"))
        for (sc in c("none","rangescale"))
        {
            alongChrom(sample.ExpressionSet, "1", z, which=which, xloc=xl,
               plotFormat="cumulative", scale=sc,lty=lty, col=cols)
         }

      ## Do an image plot[＃做一个形象的图。]
      for (bs in c(TRUE,FALSE))
         alongChrom(sample.ExpressionSet, "1",z, xlim=xlim, plotFormat="image",
                   scale="zscale", byStrand=bs)

      ## A boxplot[＃一个盒形图]
      for (st in c(TRUE,FALSE))
         alongChrom(sample.ExpressionSet, "1", z, plotFormat="local",
                    colors=cols, byStrand=st)
    } else print("Example can not be run without the hgu95av2 data package")

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