R语言 genefu包 ssp2003()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ssp2003(genefu)
ssp2003()所属R语言包：genefu

                                         SSP2003 classifier for identification of breast cancer molecular subtypes (Sorlie et al 2003)
                                         SSP2003分类鉴定乳腺癌分子亚型（Sorlie等2003）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

List of parameters defining the SSP2003 classifier for identification of breast cancer molecular subtypes (Sorlie et al 2003).
名单确定鉴定乳腺癌分子亚型（Sorlie等2003）的SSP2003分类的参数。


用法----------Usage----------


data(ssp2003)
data(ssp2003.scale)
data(ssp2003.robust)



格式----------Format----------

List of parameters for SSP2003:
SSP2003参数列表为：




centroids  Gene expression centroids for each subtype.
centroids各亚型基因表达的重心。




centroids.map  Mapping for centroids.
centroids.map映射为重心。




method.cor  Method of correlation used to compute distance to the centroids.
method.cor用来计算质心的距离相关的方法。




method.centroids  Method used to compute the centroids.
method.centroids方法来计算的重心。




std  Method of standardization for gene expressions.
std基因表达的标准化方法。




mins  Minimum number of samples within each cluster allowed during the fitting of the model.
mins模型拟合过程中允许每个聚类内的最小样本数。


Details

详情----------Details----------

Three versions of the model are provided, each of ones differs by the gene expressions standardization method since it has an important impact on the subtype classification:
三个版本的模型提供的每个基因表达的标准化方法不同，因为它有一个亚型分类上的重要影响：




ssp2003  Use of the official centroids without scaling of the gene expressions.
ssp2003使用官方的重心没有缩放的基因表达。




ssp2003.scale  Use of the official centroids with traditional scaling of the gene expressions (see scale).
ssp2003.scale使用传统尺度的基因表达与官方重心（见scale）。




ssp2003.robust  Use of the official centroids with robust scaling of the gene expressions (see rescale).
ssp2003.robust使用与基因表达的强劲缩放官方重心（见rescale）。

The model ssp2003.robust has been shown to reach the best concordance with the traditional clinical parameters (ER IHC, HER2 IHC/FISH and histological grade). However the use of this model is recommended only when the dataset is representative of a global population of breast cancer patients (no sampling bias, the 5 subtypes should be present).
模型ssp2003.robust已被证明与传统的临床参数（HER2的雌激素受体免疫组化，免疫组化/鱼和组织学分级）达到最佳的一致性。然而，使用这种模式，只有当数据集是全球人口的乳腺癌患者（无取样偏差，5个亚型，应该存在）的代表建议。


源----------Source----------

http://www.pnas.org/content/100/14/8418



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


data(ssp2003)
str(ssp2003)
data(ssp2003.robust)
str(ssp2003.robust)

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