genefinder(genefilter)
genefinder()所属R语言包：genefilter
Finds genes that have similar patterns of expression.
发现有类似的表达模式的基因。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Given an ExpressionSet or a matrix of gene expressions, and the indices of the genes of interest, genefinder returns a list of the numResults closest genes. The user can specify one of the standard distance measures listed below. The number of values to return can be specified. The return value is a list with two components: genes (measured through the desired distance method) to the genes of interest (where X is the number of desired results returned) and their distances.
ExpressionSet或matrix基因表达和利益的基因指数，genefinder返回一个listnumResults最接近的基因。用户可以指定下面列出的标准距离的措施之一。可以指定要返回的值的数目。返回值是一个list两部分组成：基因（通过所需的距离的方法来衡量），感兴趣的基因（其中X是想要返回的结果数量）和他们的距离。
用法----------Usage----------
genefinder(X, ilist, numResults=25, scale="none", weights, method="euclidean")
参数----------Arguments----------
参数：X
A numeric matrix where columns represent patients and rows represent genes.
一个数字matrix列代表患者和行表示基因。
参数：ilist
A vector of genes of interest. Contains indices of genes in matrix X.
一个vector感兴趣的基因。在矩阵X包含的基因指数
参数：numResults
Number of results to display, starting from the least distance to the greatest.
结果显示，开始从最小距离最大数目。
参数：scale
One of "none", "range", or "zscore". Scaling is carried out separately on each row.
“无”，“范围”，或“zscore”之一。尺度是分开进行的每一行。
参数：weights
A vector of weights applied across the columns of X. If no weights are supplied, no weights are applied.
跨越X列的权重向量应用。如果没有提供重量，没有权重应用。
参数：method
One of "euclidean", "maximum", "manhattan", "canberra", "correlation", "binary".
“欧几里德”，“最大”，“曼哈顿”，“堪培拉”，“关联”，“二进制”。
Details
详情----------Details----------
If the scale option is "range", then the input matrix is scaled using genescale(). If it is "zscore", then the input matrix is scaled using the scale builtin with no arguments.
如果scale选项是“范围”，然后输入矩阵缩放使用genescale()。如果是“zscore”，然后输入矩阵缩放scale内置使用不带参数。
The method option specifies the metric used for gene comparisons. The metric is applied, row by row, for each gene specified in ilist.
该方法的选项指定用于基因比较的指标。度量应用，按行，指定的每个基因在ilist。
The "correlation" option for the distance method will return a value equal to 1-correlation(x).
距离法“相关”选项，将返回一个值等于1的相关性（X）。
See dist for a more detailed description of the distances.
看到dist的距离更详细的说明。
值----------Value----------
The returned value is a list containing an entry for each gene specified in ilist. Each list entry contains an array of distances for that gene of interest.
返回值是一个list在ilist指定的每个基因包含一个条目。每个list包含阵列的距离，感兴趣的基因。
作者（S）----------Author(s)----------
J. Gentry and M. Kajen
参见----------See Also----------
genescale
genescale
举例----------Examples----------
set.seed(12345)
#create some fake expression profiles[创建一些假冒的表达谱]
m1 <- matrix (1:12, 4, 3)
v1 <- 1
nr <- 2
#find the 2 rows of m1 that are closest to row 1[发现货币供应量M1是最接近1行2行]
genefinder (m1, v1, nr, method="euc")
v2 <- c(1,3)
genefinder (m1, v2, nr)
genefinder (m1, v2, nr, scale="range")
genefinder (m1, v2, nr, method="manhattan")
m2 <- matrix (rnorm(100), 10, 10)
v3 <- c(2, 5, 6, 8)
nr2 <- 6
genefinder (m2, v3, nr2, scale="zscore")
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 18:46:01
