R语言 genefilter包 gapFilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gapFilter(genefilter)
gapFilter()所属R语言包：genefilter

                                         A filter to select genes based on there being a gap.
                                         一个过滤器来选择基因的基础上有差距。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The gapFilter looks for genes that might usefully discriminate between two groups (possibly unknown at the time of filtering). To do this we look for a gap in the ordered expression values. The gap must come in the central portion (we exclude jumps in the initial Prop values or the final Prop values). Alternatively, if the IQR for the gene is large that will also pass our test and the gene will be selected.
gapFilter寻找基因，不妨区分两个组（可能在过滤时间未知）。要做到这一点，我们期待一个有序的表达值的差距。的差距，必须在中央的部分（排除在初始Prop值的跳跃或最终Prop值）。另外，如果该基因的四分是大也将通过我们的测试和基因将被选中。


用法----------Usage----------


gapFilter(Gap, IQR, Prop, na.rm=TRUE, neg.rm=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：Gap
The size of the gap required to pass the test.  
间隙的大小需要通过测试。


参数：IQR
The size of the IQR required to pass the test.  
四分的大小需要通过测试。


参数：Prop
The proportion (or number) of samples to exclude at either end.
样本的比例（或数量），以排除在任一端。


参数：na.rm
If TRUE then NA's will be removed before processing.  
如果TRUE然后NAs将在加工前除去。


参数：neg.rm
If TRUE then negative values in x will be removed before processing.
如果TRUE然后在负值x加工前将被删除。


Details

详情----------Details----------

As stated above we are interested in
正如上面我们有兴趣


值----------Value----------

A function that returns either TRUE or FALSE depending on whether the vector supplied has a gap larger than Gap or an IQR (inter quartile range) larger than IQR. For computing the gap we want to exclude a proportion, Prop from either end of the sorted values. The reason for this requirement is that genes which differ in expression levels only for a few samples are not likely to be interesting.
函数返回或者TRUE或FALSE取决于是否提供向量具有比Gap或四分（间四分范围）比IQR大的差距。用于计算的差距，我们要排除的比例，Prop排序值的两端。这一要求的理由是，只有几样不同的基因表达水平是不太可能是有趣的。


作者（S）----------Author(s)----------


R. Gentleman



参见----------See Also----------

ttest, genefilter
ttest，genefilter


举例----------Examples----------


set.seed(256)
x <- c(rnorm(10,100,3), rnorm(10, 100, 10))
y <- x + c(rep(0,10), rep(100,10))
tmp <- rbind(x,y)
Gfilter <- gapFilter(200, 100, 5)
ffun <- filterfun(Gfilter)
genefilter(tmp, ffun)

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