R语言 genefilter包 filter_volcano()函数中文帮助文档(中英文对照)

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filter_volcano(genefilter)
filter_volcano()所属R语言包：genefilter

                                        Volcano plot for overall variance filtering
                                         整体滤波方差的火山积

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate a volcano plot contrasting p-value with fold change (on the log scale), in order to visualize the effect of filtering on overall variance and also assign significance via p-value.
产生火山图倍（对数刻度）p值对比，以可视化的总体方差过滤效果，并通过p值分配的意义。


用法----------Usage----------


filter_volcano(
               d, p, S,
               n1, n2,
               alpha, S_cutoff,
               cex = 0.5, pch = 19,
               xlab = expression(paste(log[2], " fold change")),
               ylab = expression(paste("-", log[10], " p")),
               cols = c("grey80", "grey50", "black"),
               ltys = c(1, 3),
               use_legend = TRUE,
               ...
               )



参数----------Arguments----------

参数：d
Fold changes, typically on the log scale, base 2.
倍的变化，通常在log规模，碱基2。


参数：p
The p-values
P-值


参数：S
The overall standard deviation filter statistics, i.e., the square roots of the overall variance filter statistics.  
总体标准差过滤统计，也就是说，整体过滤统计方差的平方根。


参数：n1
Sample size for group 1.
第1组样品的大小。


参数：n2
Sample size for group 2.
第2组的样本大小。


参数：alpha
Significance cutoff used for p-values.
用于p-值的意义截止。


参数：S_cutoff
Filter cutoff used for the overall standard deviation in S.  
滤波器的截止使用整体S的标准偏差。


参数：cex
Point size for plotting.
绘图点的大小。


参数：pch
Point character for plotting.
点策划字符。


参数：xlab
Label for x-axis.
X轴的标签。


参数：ylab
Label for y-axis.
为y轴的标签。


参数：cols
A vector of three colors used for plotting. These correspond to filtered data, data which pass the filter but are insignificant, and data pass the filter and are also statistically significant.  
三种颜色的向量绘图。这些对应于过滤数据，数据通过过滤器，但都是微不足道的，和数据通过过滤器，也是统计学意义。


参数：ltys
The induced bound on log-scale fold change is plotted, as is the significance cutoff for data passing the filter. The ltys argument gives line styles for these drawing these two thresholds on the plot.  
log倍的规模变化的约束诱导绘制，是通过过滤器的数据的意义截止。参数给出ltys这些绘图线条样式这两个阈值的图。


参数：use_legend
Should a legend for point color be produced?
如果一个点的颜色的传说产生的？


参数：...
Other arguments for plot.
plot其他参数。


作者（S）----------Author(s)----------


Richard Bourgon <bourgon@ebi.ac.uk>



举例----------Examples----------


# See the vignette: Diagnostic plots for independent filtering[看到小插曲：独立筛选诊断图]

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