R语言 GeneAnswers包 topCategoryGenes()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

topCategoryGenes(GeneAnswers)
topCategoryGenes()所属R语言包：GeneAnswers

                                         Present top enrichment test information with genes
                                         目前最高富集基因测试信息

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to present top enichmentInfo of given GeneAnswers instance with genes.
与基因的功能来达到顶部enichmentInfo给予GeneAnswers实例。


用法----------Usage----------


topCategoryGenes(inputX, orderby = c("geneNum", "pvalue", "foldChange", "oddsRatio", "correctedPvalue"), top = 5, genesOrderBy = 1, decreasing = FALSE, topGenes = 5, file = FALSE, fileName = "topCategoryGenes.txt")



参数----------Arguments----------

参数：inputX
a given GeneAnswers instance  
一个给定的GeneAnswers实例


参数：orderby
type to sort enrichmentInfo slot  
键入排序enrichmentInfo插槽


参数：top
integer to specify how many top rows to be presented  
整数来指定多少顶行提交


参数：genesOrderBy
integer or characters to specify gene ordered column.
整数或字符来指定基因下令列。


参数：decreasing
logic value to specify gene order is descending or not  
逻辑值，以指定的基因顺序降或不


参数：topGenes
integer to speicify how many top genes to be presented  
整数speicify多少优秀基因被提出


参数：file
logic value to determine whether save to a file  
逻辑值，以确定是否保存到一个文件


参数：fileName
string to specify file name, default file name is topCategoryGenes.txt
字符串指定文件名，默认的文件名是topCategoryGenes.txt


Details

详情----------Details----------

orderby could be one of 'geneNum', 'pvalue', 'foldChange', 'oddsRatio' and 'correctedPvalue'. top could be an integer or 'ALL'. The top former specified categories will be printed on screen while only 30 categories will be displayed for 'ALL'. All categories can be saved in a specified file. topGenes is similar to top, but only top 5 genes will be displayed for 'ALL'. genesOrderBy could be an integer to specify column to be sorted. It can also be the column name.  If set to 'none', no sorting for genes.
的OrderBy可能是一个“geneNum，pvalue”，“foldChange，oddsRatio和correctedPvalue”。顶部可能是一个整数或“ALL”。顶部前指定的类别将打印在屏幕上，将显示为“ALL”，而只有30类。所有类别可以保存在一个指定的文件。 topGenes是类似的顶部，但只有前5个基因，将显示“ALL”。 genesOrderBy可能是一个整数，指定要排序的列。它也可以是列名。如果设置为none，没有基因排序。


值----------Value----------

print necessary information on the screen and save into a specified file if request.
打印在屏幕上的必要信息，并保存到指定的文件，如果请求。


作者（S）----------Author(s)----------


Gang Feng, Pan Du and Simon Lin



参考文献----------References----------

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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