R语言 GeneAnswers包 plotGeneFunSummary()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotGeneFunSummary(GeneAnswers)
plotGeneFunSummary()所属R语言包：GeneAnswers

                                        plot the summarized gene annotation (ontologies) of a gene
                                         绘制汇总基因的基因注释（本体）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plot ontology graphs of the summarized gene annotation (ontologies), which is return by function geneFunSummarize
图本体图汇总基因注解（本体），这是函数geneFunSummarize的回报


用法----------Usage----------


plotGeneFunSummary(geneFunSummarizeResult, onto.graph, selGene = NULL, onto.graph.closure = NULL, allOntoID.direct = NULL, fdr.adjust = "none", showMiniSet = TRUE, highlightBest = TRUE, miniSetPvalue = 10^-5, ID2Name = NULL, savePrefix = "", geneSymbol = TRUE, saveImage = TRUE, selectionMethod = c("simple", "bestOnly", "all"), lib = "org.Hs.eg.db", ...)



参数----------Arguments----------

参数：geneFunSummarizeResult
the output of geneFunSummarize function
geneFunSummarize函数的输出


参数：onto.graph
an ontology graph in graphNEL class, which keeps the graph of the entire ontology DAG. Each node of it is an ontology ID
graphNEL类本体图，这使整个本体的DAG图。它的每个节点是一个本体ID


参数：selGene
a subset of genes to plot ontology graph. If it is NULL, all plots of all genes in the "geneFunSummarizeResult" will be plotted.
图本体图的基因子集。如果它是NULL，所有在“geneFunSummarizeResult”所有的基因图将绘制。


参数：onto.graph.closure
a flatten ontology graph in graphNEL class, whose edges represent offspring relationships.
1压扁graphNEL类，其边代表后代关系的本体图。


参数：allOntoID.direct
a vector of ontology IDs, which has direct gene mappings.
的本体标识的向量，有直接的基因映射。


参数：fdr.adjust
FDR adjustment methods used in p-value estimation.
FDR校正方法使用的P-值估计。


参数：showMiniSet
whether to high-light miniSet in the ontology plot
是否在本体图高光miniSet


参数：highlightBest
whether to high-light the most significant ontology term.
是否高光最重要的本体术语。


参数：miniSetPvalue
threshold of miniSet p-value
阈值的miniSet p值


参数：ID2Name
a named vector of ontology IDs to ontology terms mapping
本体术语映射的本体标识的命名向量


参数：savePrefix
the filename prefix of the image files
图像文件的文件名前缀


参数：geneSymbol
whether use gene symbol in the file name.
在文件名是否使用基因符号。


参数：saveImage
whether save images as files.
是否保存图像作为文件。


参数：selectionMethod
the method to select ontology nodes included in the plot graph
积图中包含的本体节点的方法来选择


参数：lib
the library used to get gene symbols of the Entrez Gene ID
图书馆使用Entrez基因身份证的基因符号


参数：...
other parameters used by function plotOntologyGraph  
其他参数函数plotOntologyGraph使用


值----------Value----------

Invisibly return a list of ontology subgraph (in graphGEL class), which correspond to the genes in the "geneFunSummarizeResult" (or "selGene" if provided as an input parameter).
无形返回的本体子列表（在graphGEL类），对应于在“geneFunSummarizeResult”（或的“selGene”如果作为输入参数）的基因。


作者（S）----------Author(s)----------



Pan DU




参见----------See Also----------

See Also plotGraph and plotOntologyGraph
plotGraph和plotOntologyGraph


举例----------Examples----------



data(DO)
geneSummary <- geneFunSummarize('4267', gene2DO.map, DO.graph.closure.gene)[[1]]
plotGeneFunSummary(geneSummary['4267'], onto.graph=DO.graph.gene, onto.graph.closure=DO.graph.closure.gene, ID2Name=DO.terms, p.value.th=0.001, miniSetPvalue=10^-5, saveImage=FALSE)


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