R语言 GeneAnswers包 drawTable()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

drawTable(GeneAnswers)
drawTable()所属R语言包：GeneAnswers

                                         Concept-Gene Networking Plotting
                                         概念基因网络绘制

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to generate a multigroup concepts-genes table
一个函数来生成多种群的概念基因表


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：dataMatrix
a top concepts-genes matrix generated by getConceptTable.  
顶级概念基因矩阵生成getConceptTable。


参数：topCat
number to specify how many top concepts-genes analysis will show.  
将显示指定多少概念基因分析。


参数：heatMap
logic, determine whether the multiple group concepts-genes table is presented by heatmap.  
逻辑，确定是否多组概念基因表是由热图。


参数：matrixOfHeatmap
NULL or a concepts-genes matrix generated by getConceptTable, which is used to show enrichment test significance for each concept.  
NULL或由的getConceptTable，这是用来显示每个概念的铀浓缩试验的意义产生了一份概念，基因矩阵。


参数：clusterTable
cluster data to specify which type of values will be used for cluster.  
指定哪种类型的值将使用聚类的聚类数据。


参数：methodOfCluster
cluster method
聚类方法


参数：mar
marginal parameter for table, please see par
边际参数表，请参阅par


参数：addRowLabel
logic, whether add row names
逻辑，是否添加行名称


参数：cex.axis
font size parameter for table, please see par  
字体大小参数为表，请参阅par


参数：reverseOfCluster
logic, whether reverse the cluster order.  
逻辑，是否聚类为了扭转。


参数：xGridLine
logic, whether add horizontal line in table or not
逻辑，是否附加水平线表或不


参数：colorBar
logic, whether show color bar or not
逻辑，是否显示彩条或不


参数：newWindow
logic, whether present table in current active window or not  
逻辑，无论是本表中当前活动窗口或不


参数：endOfColoBar
a character string for color bar.  
一个颜色栏的字符串。


参数：...
other parameters used by 'sort'  
其他参数使用“排序”


Details

详情----------Details----------

an image based multigroup concepts-genes table is generated. If heatmap is on, the statistical significant cells are shaded by different level green. Specified top gene amounts are highlighted as red.   
基于图像的多组概念基因的表生成。如果热图上，统计显着的单元是由不同层次的绿色阴影。指定的顶级基因金额为红色突出显示。


值----------Value----------

No return value.
没有返回值。


作者（S）----------Author(s)----------


Gang Feng, Pan Du and Simon Lin



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


data(sampleGroupsData)
gAKEGGL <- lapply(sampleGroupsData, geneAnswersBuilder, 'org.Hs.eg.db', categoryType='KEGG', pvalueT=0.1, verbose=FALSE)
#output&lt;- getConceptTable(gAKEGGL, items='geneNum')[输出< -  getConceptTable的（gAKEGGL，项目=geneNum）]
## Not run: drawTable(output[[1]], matrixOfHeatmap=output[[2]], mar=c(2,15,3,2), clusterTable=NULL) [＃不运行：drawTable的（输出[1]，matrixOfHeatmap =输出[2]，MAR = C（2,15,3,2），clusterTable = NULL）]

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