gcrma(gcrma)
gcrma()所属R语言包：gcrma
Robust Multi-Array expression measure using sequence information
强大的多阵列表达措施，使用序列信息
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function converts an AffyBatch into an ExpressionSet using the robust multi-array average (RMA) expression measure with help of probe sequence.
此函数转换到AffyBatch探针序列的帮助下使用的强大的多阵列平均（RMA）的表达措施ExpressionSet，。
用法----------Usage----------
gcrma(object,affinity.info=NULL,
affinity.source=c("reference","local"),NCprobe=NULL,
type=c("fullmodel","affinities","mm","constant"),
k=6*fast+0.5*(1-fast),stretch=1.15*fast+1*(1-fast),correction=1,
GSB.adjust=TRUE,
rho=.7,optical.correct=TRUE,verbose=TRUE,fast=TRUE,
subset=NULL,normalize=TRUE,...)
参数----------Arguments----------
参数：object
an AffyBatch
AffyBatch
参数：affinity.info
NULL or an AffyBatch containing the affinities in the exprs slot. This object can be created using the function compute.affinities.
NULL或AffyBatchexprs插槽中含有的亲和力。创建此对象可使用的功能compute.affinities。
参数：affinity.source
reference: use the package internal Non-specific binding data or local: use the experimental data in object. If local is chosen, either MM probes or a user-defined list of probes (see NCprobes) are used to estimate affinities.
reference：使用包内的非特异性结合的数据或local：object使用的实验数据。 local如果选择，无论是MM探针或用户定义的探针列表（见NCprobes）被用来估计的亲和力。
参数：NCprobe
Index of negative control probes. When set as NULL,the MM probes will be used. These probes are used to estimate parameters of non-specific binding on each array. These will be also used to estimate probe affinity profiles when affinity.info is not provided.
阴性对照探针指数。当设置为NULL，MM的探测器将被使用。这些探针用于非特异性结合的参数估计每个阵列。这些也将被用来估计探针亲和力型材不提供affinity.info时。
参数：type
"fullmodel" for sequence and MM model. "affinities" for sequence information only. "mm" for using MM without sequence information.
“fullmodel”顺序和MM模型。仅序列信息的“亲和力”。 “毫米”MM没有序列信息。
参数：k
A tuning factor.
一个调整因素。
参数：stretch
.
。
参数：correction
.
。
参数：GSB.adjust
Logical value. If TRUE, probe effects in specific binding will be adjusted.
逻辑值。如果TRUE，探针特异性结合的影响会有所调整。
参数：rho
correlation coefficient of log background intensity in a pair of pm/mm probes. Default=.7
log一对时/ mm探针的背景强度的相关系数。默认值= 0.7
参数：optical.correct
Logical value. If TRUE, optical background correction is performed.
逻辑值。如果TRUE，光背景校正进行。
参数：verbose
Logical value. If TRUE messages about the progress of the function is printed.
逻辑值。如果TRUE印有关功能的进展的消息。
参数：fast
Logical value. If TRUE a faster ad hoc algorithm is used.
逻辑值。如果TRUE更快的专案使用算法。
参数：subset
a character vector with the the names of the probesets to be used in expression calculation.
与特征向量的probesets在计算表达式中使用的名称。
参数：normalize
logical value. If 'TRUE' normalize data using quantile normalization.
逻辑值。如果TRUE标准化使用分量标准化数据。
参数：...
further arguments to be passed (not currently implemented - stub for future use).
进一步被传递的参数（目前尚未实施 - 以供将来使用存根）。
Details
详情----------Details----------
Note that this expression measure is given to you in log base 2 scale. This differs from most of the other expression measure methods.
请注意，这个表达式措施log碱基2规模。这不同于大多数其他表达测量方法。
The tuning factor k will have different meanings if one uses the fast (add-hoc) algorithm or the empirical Bayes approach. See Wu et al. (2003)
调整因素k将有不同的含义，如果使用快（附加）算法或经验Bayes方法。见吴等人。 （2003年）
值----------Value----------
An ExpressionSet.
ExpressionSet。
作者（S）----------Author(s)----------
Rafeal Irizarry
举例----------Examples----------
if(require(affydata) & require(hgu95av2probe) & require(hgu95av2cdf)){
data(Dilution)
ai <- compute.affinities(cdfName(Dilution))
Dil.expr<-gcrma(Dilution,affinity.info=ai,type="affinities")
}
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 18:28:41
