R语言 gcrma包 gcrma.engine2()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gcrma.engine2(gcrma)
gcrma.engine2()所属R语言包：gcrma

                                        GCRMA background adjust engine(internal function)
                                         GCRMA背景调整发动机（内部函数）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function adjust for non-specific binding when each array has its own probe affinity information. It takes an AffyBatch object of probe intensities and an AffyBatch of probe  affinity, returns one matrix of non-specific binding corrected PM probe intensities.
此功能调整非特异性结合，当每个阵列都有自己的探针亲和力信息。它带有一个探针强度和AffyBatch探针亲和力AffyBatch的对象，返回一个非特异性结合纠正下午探针强度矩阵。


用法----------Usage----------


gcrma.engine2(object,pmIndex=NULL,mmIndex=NULL,
              NCprobe=NULL,affinity.info,
              type=c("fullmodel","affinities","mm","constant"),
              k=6*fast+0.5*(1-fast),
              stretch=1.15*fast+1*(1-fast),correction=1,GSB.adjust=TRUE,rho=0.7,
              verbose=TRUE,fast=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：object
an AffyBatch. Note: this is an internal function. Optical noise should have been corrected for.  
AffyBatch。注：这是一个内部函数。光噪声应该得到纠正。


参数：pmIndex
Index of PM probes.This will be computed within the function if left NULL
下午probes.This指数将在函数的计算，如果左NULL


参数：mmIndex
Index of MM probes.This will be computed within the function if left NULL
MM的probes.This指数将在函数的计算，如果左NULL


参数：NCprobe
Index of negative control probes. When set as NULL,the MM probes will be used. These probes are used to estimate parameters of non-specific binding on each array. These will be also used to estimate probe affinity profiles when affinity.info is not provided.
阴性对照探针指数。当设置为NULL，MM的探测器将被使用。这些探针用于非特异性结合的参数估计每个阵列。这些也将被用来估计探针亲和力型材不提供affinity.info时。


参数：affinity.info
NULL or an AffyBatch containing the affinities in the exprs slot. This object can be created using the function compute.affinities.
NULL或AffyBatchexprs插槽中含有的亲和力。创建此对象可使用的功能compute.affinities。


参数：type
"fullmodel" for sequence and MM model. "affinities" for sequence information only. "mm" for using MM without sequence information.
“fullmodel”顺序和MM模型。仅序列信息的“亲和力”。 “毫米”MM没有序列信息。


参数：k
A tuning factor.
一个调整因素。


参数：stretch
.
。


参数：correction
.
。


参数：GSB.adjust
Logical value. If TRUE, probe effects in specific binding will be adjusted.
逻辑值。如果TRUE，探针特异性结合的影响会有所调整。


参数：rho
correlation coefficient of log background intensity in a pair of pm/mm probes. Default=.7
log一对时/ mm探针的背景强度的相关系数。默认值= 0.7


参数：verbose
Logical value. If TRUE messages about the progress of the function is printed.  
逻辑值。如果TRUE印有关功能的进展的消息。


参数：fast
Logicalvalue. If TRUE a faster add-hoc algorithm is used.
logicalvalue。如果TRUE更快的附加特殊算法。


Details

详情----------Details----------

Note that this expression measure is given to you in log base 2 scale. This differs from most of the other expression measure methods.
请注意，这个表达式措施log碱基2规模。这不同于大多数其他表达测量方法。

The tunning factor k will have different meainngs if one uses the fast (add-hoc) algorithm or the empirical bayes approach. See Wu et al. (2003)
tunning因素k将有不同meainngs如果使用快（附加）算法或经验Bayes方法。见吴等人。 （2003年）


值----------Value----------

A matrix of PM intensties.
下午intensties矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Rafeal Irizarry & Zhijin Wu



参见----------See Also----------

gcrma.engine
gcrma.engine

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