R语言 gcrma包 gcrma.engine()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gcrma.engine(gcrma)
gcrma.engine()所属R语言包：gcrma

                                        GCRMA background adjust engine(internal function)
                                         GCRMA背景调整发动机（内部函数）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function adjust for non-specific binding when all arrays in the dataset share the same probe affinity information. It takes matrices of PM probe intensities, MM probe intensities, other negative control probe intensities(optional) and the associated probe affinities, and return one matrix of non-specific binding corrected PM probe intensities.
此功能调整非特异性结合，当DataSet中的所有阵列同一探针亲和力信息共享。它需要下午探针强度，mm探针强度，其他阴性对照探针强度（可选）和相关的探针亲和力矩阵，并返回一个非特异性结合纠正下午探针强度矩阵。


用法----------Usage----------


gcrma.engine(pms,mms,ncs=NULL,
                         pm.affinities=NULL,mm.affinities=NULL,anc=NULL,
                         type=c("fullmodel","affinities","mm","constant"),
                         k=6*fast+0.5*(1-fast),
                         stretch=1.15*fast+1*(1-fast),correction=1,GSB.adjust=TRUE,rho=0.7,
                         verbose=TRUE,fast=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：pms
The matrix of PM intensities
下午强度矩阵


参数：mms
The matrix of MM intensities
MM的强度矩阵


参数：ncs
The matrix of negative control probe intensities. When left asNULL, the MMs are considered the negative control probes.
阴性对照探针强度矩阵。当离开NULL，彩信被认为是阴性对照探针。


参数：pm.affinities
The vector of PM probe affinities. Note: This can be shorter than the number of rows in pms when some probes do not have sequence information provided.
下午探针亲和力的向量。注：这可能是短pms当一些探针没有提供序列信息的行数比。


参数：mm.affinities
The vector of MM probe affinities.
MM探针亲和力的向量。


参数：anc
The vector of Negative Control probe affinities. This is ignored if MMs are used as negative controls (ncs=NULL)
阴性对照探针亲和力的向量。这将被忽略，如果彩信作为阴性对照（ncs=NULL）


参数：type
"fullmodel" for sequence and MM model. "affinities" for sequence information only. "mm" for using MM without sequence information.
“fullmodel”顺序和MM模型。仅序列信息的“亲和力”。 “毫米”MM没有序列信息。


参数：k
A tuning factor.
一个调整因素。


参数：stretch
.
。


参数：correction
.
。


参数：GSB.adjust
Logical value. If TRUE, probe effects in specific binding will be adjusted.
逻辑值。如果TRUE，探针特异性结合的影响会有所调整。


参数：rho
correlation coefficient of log background intensity in a pair of pm/mm probes. Default=.7
log一对时/ mm探针的背景强度的相关系数。默认值= 0.7


参数：verbose
Logical value. If TRUE messages about the progress of the function is printed.  
逻辑值。如果TRUE印有关功能的进展的消息。


参数：fast
Logicalvalue. If TRUE a faster add-hoc algorithm is used.
logicalvalue。如果TRUE更快的附加特殊算法。


Details

详情----------Details----------

Note that this expression measure is given to you in log base 2 scale. This differs from most of the other expression measure methods.
请注意，这个表达式措施log碱基2规模。这不同于大多数其他表达测量方法。

The tunning factor k will have different meainngs if one uses the fast (add-hoc) algorithm or the empirical bayes approach. See Wu et al. (2003)
tunning因素k将有不同meainngs如果使用快（附加）算法或经验Bayes方法。见吴等人。 （2003年）


值----------Value----------

A matrix of PM intensties.
下午intensties矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Rafeal Irizarry & Zhijin Wu



参见----------See Also----------

gcrma.engine2
gcrma.engine2

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