R语言 gcrma包 bg.adjust.gcrma()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bg.adjust.gcrma(gcrma)
bg.adjust.gcrma()所属R语言包：gcrma

                                        GCRMA background adjust (internal function)
                                         GCRMA背景调整（内部函数）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function performs background adjustment (optical noise and non-specific binding on an AffyBatch project and returns an AffyBatch object in which the PM intensities are adjusted.
执行此功能的背景调整（光噪声和非特异性结合AffyBatch项目，并返回一个AffyBatch在下午的强度调整的对象。


用法----------Usage----------


bg.adjust.gcrma(object,affinity.info=NULL,
      affinity.source=c("reference","local"),
      NCprobe=NULL,
      type=c("fullmodel","affinities","mm","constant"),
      k=6*fast+0.5*(1-fast),stretch=1.15*fast+1*(1-fast),correction=1,
      GSB.adjust=TRUE,
      rho=.7,optical.correct=TRUE,verbose=TRUE,fast=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：object
an AffyBatch
AffyBatch


参数：affinity.info
NULL or an AffyBatch containing the affinities in the exprs slot. This object can be created using the function compute.affinities.
NULL或AffyBatchexprs插槽中含有的亲和力。创建此对象可使用的功能compute.affinities。


参数：affinity.source
reference: use the package internal Non-specific binding data or local: use the experimental data in object. If local is chosen, either MM probes or a user-defined list of probes (see NCprobes) are used to estimate affinities.
reference：使用包内的非特异性结合的数据或local：object使用的实验数据。 local如果选择，无论是MM探针或用户定义的探针列表（见NCprobes）被用来估计的亲和力。


参数：NCprobe
Index of negative control probes. When set as NULL,the MM probes will be used. These probes are used to estimate parameters of non-specific binding on each array. These will be also used to estimate probe affinity profiles when affinity.info is not provided.
阴性对照探针指数。当设置为NULL，MM的探测器将被使用。这些探针用于非特异性结合的参数估计每个阵列。这些也将被用来估计探针亲和力型材不提供affinity.info时。


参数：type
"fullmodel" for sequence and MM model. "affinities" for sequence information only. "mm" for using MM without sequence information.
“fullmodel”顺序和MM模型。仅序列信息的“亲和力”。 “毫米”MM没有序列信息。


参数：k
A tuning factor.
一个调整因素。


参数：stretch
.
。


参数：correction
.
。


参数：GSB.adjust
Logical value. If TRUE, probe effects in specific binding will be adjusted.
逻辑值。如果TRUE，探针特异性结合的影响会有所调整。


参数：rho
correlation coefficient of log background intensity in a pair of pm/mm probes. Default=.7
log一对时/ mm探针的背景强度的相关系数。默认值= 0.7


参数：optical.correct
Logical value. If TRUE, optical background correction is performed.
逻辑值。如果TRUE，光背景校正进行。


参数：verbose
Logical value. If TRUE messages about the progress of the function is printed.  
逻辑值。如果TRUE印有关功能的进展的消息。


参数：fast
Logical value. If TRUE a faster ad hoc algorithm is used.
逻辑值。如果TRUE更快的专案使用算法。


Details

详情----------Details----------

The returned value is an AffyBatch object, in which the PM probe intensities have been background adjusted. The rest is left the same as the starting AffyBatch object.
返回的值是AffyBatch对象，已在下午探针强度背景调整。其余剩下出发AffyBatch对象相同。

The tunning factor k will have different meainngs if one uses the fast (ad hoc) algorithm or the empirical bayes approach. See Wu et al. (2003)
tunning因素k将有不同meainngs如果使用的快速算法（专案）或经验Bayes方法。见吴等人。 （2003年）


值----------Value----------

An AffyBatch.
AffyBatch。


作者（S）----------Author(s)----------


Rafeal Irizarry



举例----------Examples----------


if(require(affydata) & require(hgu95av2probe) & require(hgu95av2cdf)){
          data(Dilution)
          ai <- compute.affinities(cdfName(Dilution))
          Dil.adj<-bg.adjust.gcrma(Dilution,affinity.info=ai,type="affinities")
     }

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