R语言 gcrma包 bg.adjust.affinities()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bg.adjust.affinities(gcrma)
bg.adjust.affinities()所属R语言包：gcrma

                                        Background adjustment with sequence information (internal function)
                                         背景调整序列信息（内部功能）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

An internal function to be used by gcrma.
一个内部函数用于gcrma的。


用法----------Usage----------


bg.adjust.fullmodel(pms,mms,ncs=NULL,apm,amm,anc=NULL,index.affinities,k=6
* fast + 0.25 * (1 - fast),rho=.7,fast=FALSE)
bg.adjust.affinities(pms,ncs,apm,anc,index.affinities,k=6
* fast + 0.25 * (1 - fast),fast=FALSE,nomm=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：pms
PM intensities after optical background correction, before non-specific-binding correction.
下午强度光背景校正后，前非特定约束力的修正。


参数：mms
MM intensities after optical background correction, before non-specific-binding correction.
光背景校正后，非特定约束力的修正前的MM强度。


参数：ncs
Negative control probe intensities after optical background correction, before non-specific-binding correction. If ncs=NULL, the MM probes are considered the negative control probes.
阴性对照探针光背景校正后，非特定约束力的修正之前，强度。如果ncs=NULLmm探针被认为是阴性对照探针。


参数：index.affinities
The index of pms with known sequences. (For some types of arrays the sequences of a small subset of probes are not provided by Affymetrix.)
PMS与已知序列的索引。 （对于某些类型的数组序列的一小部分的探针不提供由Affymetrix。）


参数：apm
Probe affinities for PM probes with known sequences.
下午探针与已知序列探针亲和力。


参数：amm
Probe affinities for MM probes with known sequences.
mm探针探针与已知序列的亲和力。


参数：anc
Probe affinities for Negative control probes with known sequences. This is ignored when ncs=NULL.
为阴性对照探针与已知序列的探针亲和力。这被忽略的时候ncs=NULL。


参数：rho
correlation coefficient of log background intensity in a pair of pm/mm probes. Default=.7
log一对时/ mm探针的背景强度的相关系数。默认值= 0.7


参数：k
A tuning parameter. See details.
调谐参数。查看详情。


参数：fast
Logical value. If TRUE a faster add-hoc algorithm is used.
逻辑值。如果TRUE更快的附加特殊算法。


参数：nomm
Logical value indicating if MM intensities are available and will to be used to estimate background.
如果MM的强度和将被用来估计背景的逻辑值。


Details

详情----------Details----------

Assumes PM=background1+signal,mm=background2, (log(background1),log(background2))'  follow bivariate normal distribution, signal distribution follows power law.  bg.parameters.gcrma and sg.parameters.gcrma  provide adhoc estimates of the parameters.
假定下午= background1 +信号，MM = background2，（log“（background1），log（background2））”遵循二元正态分布，信号分布如下功法。 bg.parameters.gcrma和sg.parameters.gcrma提供即席估计参数。

the original gcrma uses an empirical Bayes estimate. this requires a complicated numerical integration. An add-hoc method tries to imitate the empirical Bayes estimate with a PM-B but values of PM-B<k going to k. This can be thought as a shrunken MVUE. For more details see Wu et al. (2003).
原gcrma使用经验Bayes估计。这需要一个复杂的数值积分。一个附加特别的方法，尝试模仿与PM-B的经验Bayes估计，但值PM-B的<kk的。这可以被认为萎缩MVUE。详细内容见吴等。 （2003年）。


值----------Value----------

a vector of same length as x.
x相同长度的向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Rafeal Irizarry, Zhijin(Jean) Wu



参见----------See Also----------

gcrma
gcrma

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