R语言 gaia包 load_cnv()函数中文帮助文档(中英文对照)

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load_cnv(gaia)
load_cnv()所属R语言包：gaia

                                        This function create the object containing all needed informations about the aberrant regions.
                                         这个函数创建对象，它包含所有需要的信息有关的异常区域。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function loads the informations about the aberrant regions contained within the matrix passed as argument. It creates for all chromosomes and all kind of aberration (e.g. loss and gain) a matrix of dimension NxM (N observed samples and M observed probes).
这个函数加载的信息作为参数传递矩阵内包含的异常区域。它创建的所有染色体和所有的像差（如损耗和增益）矩阵维NxM（不适用观察样品和M观测探针）。


用法----------Usage----------


load_cnv(segmentation_matrix, markers_list, num_of_samples)



参数----------Arguments----------

参数：segmentation_matrix
A matrix containing the aberrant regions where each row in the file reports the information of an aberrant region. In particular the matrix has the following column:<br> Sample Name - Chromosome - Start - End - Num of Markers - CN<br> "Sample Name" indicates the name of the sample. "Chromosome", "Start", "End", "Num of Markers" and "CN" indicate for each aberrant region the respective chromosome, the start and the end position the number of markers contained within the region and the found aberrations. Note that "CN" represents the estimated copy number for the segmented region and it must be an integer in the range 0..(K-1) where K is the number of the considered aberrations Therefore if we are considering only loss, LOH, gain in the file passed as argument the only possible kind of aberrations is 0, 1 and 2.  
矩阵包含在文件中的每一行报告一个异常区域的信息异常的区域。特别是矩阵有下列列：参考样品名称 - 染色体 - 开始 - 结束 -  NUM标记 - 点数参考“样品名称”表示样品的名称。 “染色体”，“开始”，“结束”，“数字标记”和“CN”的每个异常区，表明各自的染色体，开始和结束位置的区域内所载的标记数量和发现异常。请注意，“CN”表示分割区域的拷贝数估计，它必须是一个整数，范围在0 ..（K 1）K是考虑畸变的数目，因此，如果我们只考虑损失，蕙，增益在像差那种只可能是0，1和2作为参数传递的文件。


参数：markers_list
The marker descriptor object obtained by the function load_markers.
获得功能load_markers标记描述对象。


参数：num_of_samples
The number of analyzed samples.
分析样品的数量。


值----------Value----------

This function returns a list having the following structure:
这个函数返回一个列表，具有以下结构：


参数：CNV_matrix_list[[i]][[j]]
contains the informations for the j-th chromosome on the i-th aberration. This element is a matrix of dimension NxM (N observed samples and M observed probes).
对第i个畸变的第j个染色体包含的信息。此元素是矩阵的维NxM（不适用观察样品和M观测探针）。

An example of the data produced by this function can be found in synthCNV
此函数产生的数据的一个例子可以发现synthCNV


作者（S）----------Author(s)----------


Sandro Morganella et al.

Maintainer: S. Morganella &lt;morganellaalx@gmail.com&gt;




举例----------Examples----------


# Load the matrix containing the informations about the markers[包含有关标记的信息加载矩阵]
data(synthMarkers_Matrix)

# Use the function load_markers to obtain the marker descriptor data object[使用的的功能load_markers获得的标记描述数据对象]
marks <- load_markers(synthMarkers_Matrix)

# Load the matrix containing the informations about the aberrant regions[加载包含的信息有关的异常区域的矩阵]
data(synthCNV_Matrix)

# Use the function load_cnv to obtain the aberrant region descriptor data object[使用的的功能load_cnv获得的异常区域描述数据对象]
cnv <- load_cnv(synthCNV_Matrix, marks, 10)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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