R语言 gage包 heter.gage()函数中文帮助文档(中英文对照)

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heter.gage(gage)
heter.gage()所属R语言包：gage

                                         GAGE analysis for heterogeneous data
                                         压力计的异构数据分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

heter.gage is a wrapper function of gage for heterogeneous data. pairData prepares the heterogeneous data and related arguments for GAGE analysis.
heter.gagegage是异构数据的包装函数。 pairData准备用于量具分析异构数据和相关参数。


用法----------Usage----------


heter.gage(exprs, gsets, ref.list, samp.list, comp.list = "paired",
use.fold = TRUE, ...)

pairData(exprs, ref.list, samp.list, comp.list = "paired", use.fold =
TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：exprs
an expression matrix or matrix-like data structure, with genes as rows and samples as columns.  
表达矩阵或矩阵类似的数据结构，行和列的样本的基因。


参数：gsets
a named list, each element contains a gene set that is a character vector of gene IDs or symbols. For example, type head(kegg.gs). A gene set can also be a "smc" object defined in PGSEA package. Make sure that the same gene ID system is used for both gsets and exprs.  
一个名为列表，每个元素包含一个基因组，基因ID或符号，是一个特征向量。例如，类型头（kegg.gs）的。 A基因组也可以是“SMC”PGSEA包中定义的对象。确保相同的基因ID系统是使用两个gsets和exprs。


参数：ref.list
a list of ref inputs for gage function. In other words, each element of the list is a column number vector for the reference condition or phenotype (i.e. the control group) in the exprs data matrix.  
refgage功能输入。换句话说，列表中的每个元素是一个参考条件，或在exprs数据矩阵型（即对照组）的列数向量。


参数：samp.list
a list of samp inputs for gage function. In other words, each element of the list is a column number vector for the target condition or phenotype (i.e. the experiment group) in the exprs data matrix.  
sampgage功能输入。换句话说，列表中的每个元素是列数向量为目标的条件，或在exprs数据矩阵型（即实验组）。


参数：comp.list
a list or a vector of compare input(s) for gage function. The length of the list or vector should equal to the length of ref.list and samp.list or 1. In the latter case, all analyses will use the same comparison scheme. The same as  compare, the element value(s) in comp.list can be 'paired', 'unpaired', '1ongroup' or 'as.group'. Default to be 'paired'.  
compare函数列表或gage（S）输入向量。列表或向量的长度应该等于ref.list和samp.list或1的长度。在后一种情况下，所有的分析，将使用相同的比较方案。一样的compare，comp.list元素的值（S）可以“配对”，“未成，1 ongroup”的或“as.group”。默认为“配对”。


参数：use.fold
Boolean, whether to use fold changes or t-test statistics as per gene statistics. Default use.fold= TRUE.  
布尔，是否使用每个基因统计倍变更或t检验统计。默认use.fold = TRUE。


参数：...
other arguments to be passed into gage.  
其他参数被传递到gage。


Details

详情----------Details----------

comp.list can be a list or vector of mixture values of 'paired' and 'unpaired' matching the experiment layouts of the heterogeneous data. In such cases, each ref-samp pairs and corresponding columns in the result data matrix after calling pairData are assigned different weights when calling gage in the next step. The inclusion of '1ongroup' and 'as.group' in comp.list would make weight assignment very complicated especially when the sample sizes are different for the individual experiments of the heterogeneous data.
comp.list可以是列表或“配对”和“未成”的异构数据相匹配的实验布局的混合值的向量。在这种情况下，每个ref桑普对结果数据矩阵中的相应列后调用pairData被分配不同的权重时呼吁gage下一步。列入1 ongroupas.group在comp.list的重量分配非常复杂，尤其是当样本大小不同的异构数据的个别实验。


值----------Value----------

The output of pairData is a list of 2 elements:
pairData输出是2个元素的列表：


参数：exprs
a data matrix derived from the input expression data matrix exprs, but ready for column-wise gene est tests. In the matrix, genes are rows, and columns are the per gene test statistics from the ref-samp pairwise comparison.
来自输入表达数据矩阵exprs数据矩阵，但准备列聪明基因EST测试。在矩阵中，基因是行，列从文献桑普成对比较每个基因测试统计。


参数：weights
weights assigned to columns of the output data matrix exprs when calling gage next. The value may be NULL if comp.list are all 'paired'.
当调用exprs下分配给输出数据矩阵gage列的重量。该值可能是NULL如果comp.list都“配对”。

The result returned by heter.gage function is the same as result of gage, i.e. either a single data matrix (same.dir = FALSE, test for two-directional changes) or a named list of two data matrix (same.dir = TRUE, test for single-direction changes) for the results of up- ($greater) and down- ($less) regulated gene sets. Check help information for gage for details.
返回的结果heter.gage功能gage，即一个单一的数据矩阵（same.dir = FALSE时，两个方向的变化测试）或命名的两个数据列表矩阵的结果是相同的（same.dir = TRUE时，测试的单方向的变化）（$更大）和向下（少）调控基因组的结果。 gage详细信息，查看帮助信息。


作者（S）----------Author(s)----------



Weijun Luo <luo_weijun@yahoo.com>




参考文献----------References----------

Generally Applicable Gene Set Enrichment for Pathways Analysis. BMC Bioinformatics 2009, 10:161

参见----------See Also----------

gage the main function for GAGE analysis; gagePipe pipeline for multiple GAGE analysis in a batch
gagegagePipe多个压力计分析管道一批压力计分析的主要功能;


举例----------Examples----------


data(gse16873)
cn=colnames(gse16873)
hn=grep('HN',cn, ignore.case =TRUE)
dcis=grep('DCIS',cn, ignore.case =TRUE)
data(kegg.gs)

library(gageData)
data(gse16873.2)
cn2=colnames(gse16873.2)
hn2=grep('HN',cn2, ignore.case =TRUE)
dcis2=grep('DCIS',cn2, ignore.case =TRUE)

#combined the two half dataset[结合两个半集]
gse16873=cbind(gse16873, gse16873.2)
refList=list(hn, hn2+12)
sampList=list(dcis, dcis2+12)

#quick look at the heterogeneity of the combined data[在合并后的数据异质性的快看]
summary(gse16873[,hn[c(1:2,7:8)]])
#if graphic devices open:[如果图形设备打开：]
#boxplot(data.frame(gse16873))[盒形图（数据框（gse16873））]
gse16873.kegg.heter.p <- heter.gage(gse16873, gsets = kegg.gs,
    ref.list = refList, samp.list = sampList)
gse16873.kegg.heter.2d.p <- heter.gage(gse16873, gsets = kegg.gs,
    ref.list = refList, samp.list = sampList, same.dir = FALSE)
str(gse16873.kegg.heter.p)
head(gse16873.kegg.heter.p$greater[, 1:5])

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