R语言 frma包 frma()函数中文帮助文档(中英文对照)

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frma(frma)
frma()所属R语言包：frma

                                        Frozen Robust Multi-Array Analysis
                                         冷冻强大的多阵列分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function preprocesses an AffyBatch or ExonFeatureSet object using the fRMA method.
此功能预处理AffyBatch或ExonFeatureSet使用fRMA方法的对象。


用法----------Usage----------


frma(object, background="rma", normalize="quantile",
    summarize="robust_weighted_average", target="core",
    input.vecs=list(normVec=NULL, probeVec=NULL, probeVarBetween=NULL,
    probeVarWithin=NULL, probesetSD=NULL), output.param=NULL,
    verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：object
an AffyBatch
1 AffyBatch


参数：background
type of background correction to perform: either "none" or "rma".
背景校正执行：无论是“无”或“RMA”的类型。


参数：normalize
type of normalization to perform: either "none" or "quantile".   
执行的规范化的类型：要么“没有”或“分量”。


参数：summarize
type of summarization to perform: one of "median\_polish", "average", "median", "weighted\_average", "robust\_weighted\_average", "random\_effect".
总结类型执行：“中间\ _polish”，“平均”，“中位数”，“加权\ _average”，“稳健\ _weighted的\ _average”，“随机\ _effect”。


参数：target
summarization level for exon arrays. Must be one of: probeset, core, full, extended.
外显子阵列的概括水平。必须是一个probeset，核心，全面，扩展。


参数：input.vecs
a list of vectors to be used in preprocessing. If necessary elements are NULL, the correct package with the default vectors is loaded if it has been installed. These packages are of the form: <platform>frmavecs.
在预处理的向量。如果必要的元素是空的，与默认向量的正确加载包，如果它已经安装。这些包是的形式：<platform> frmavecs。


参数：output.param
a vector of output elements to return. By default only the expression values and standard errors (if applicable) are returned. Additional options are: "residuals", "weights", "random_effects"
返回一个输出元素的向量。默认情况下，只是表达的价值观和标准错误（如适用）退还。额外的选项是：“残差”，“砝码”，“random_effects”


参数：verbose
logical value. If TRUE then some messages are displayed while the function runs.
逻辑值。如果为TRUE，而一些消息显示功能运行。


值----------Value----------

The function returns an ExpressionSet if output.param=NULL or an frmaExpressionSet otherwise.
该函数返回一个ExpressionSet否则如果output.param = NULL或frmaExpressionSet。


作者（S）----------Author(s)----------


Matthew N. McCall



举例----------Examples----------


  library(frmaExampleData)
  data(AffyBatchExample)
  object <- frma(AffyBatchExample)

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