R语言 flowViz包 splom()函数中文帮助文档(中英文对照)

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splom(flowViz)
splom()所属R语言包：flowViz

                                         Method implementing Lattice scatter plot matrices for flow data.
                                         格流量数据的散点图矩阵法实施。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function create Trellis scatter plots matrices (splom) from flow cytometry data.
这个函数创建格子散点图矩阵（splom）的流式单元仪数据。


用法----------Usage----------



## S4 method for signature 'flowFrame,missing'
splom(
    x,
    data,
    pscales,
    time,
    exclude.time=TRUE,
    names=FALSE,
    ...)

panel.splom.flowframe(
    x,
    frame,
    ...)




参数----------Arguments----------

参数：x
A formula describing the structure of the plot and the variables to be used in the display.  
公式描述的图和结构要在显示器中使用的变量。


参数：data, frame
A flowFrame object that serves as the source of data.  
一个flowFrame对象作为数据源。


参数：pscales
This arguments is passed unchanged to the corresponding methods in lattice, and is listed here only because it provides a different default.  See documentation for the original methods for details.  
此参数是通过晶格相应的方法不变，被列在这里，不仅是因为它提供了一个不同的默认。有关详细信息，请参阅原始方法的文件。


参数：time
A character string giving the name of the data column recording time. If not provided, we try to guess from the available parameters.  
一个字符串，名称列数据记录时间。如果不提供，我们尝试猜测从可用的参数。


参数：exclude.time
Logical, specifying whether to exclude the time variable from a scatter plot matrix. Defaults to TRUE.  
逻辑，指定是否要排除从散点图矩阵的时间变量。 TRUE默认。


参数：names
Logical specifying wether gate names should be added to the plot. Currently, this feature is not supported for splom plots.  
应加入的图逻辑指定的阉羊门名。目前，此功能不支持splom图。


参数：...
More arguments, usually passed on to the underlying lattice methods.  
更多的参数，通常传递到底层的格子方法。


Details

详情----------Details----------

The function draws a scatter plot matrix of the data for each flow parameter in a flowFrame. For the most, one can think about this as a rectangular arrangement of separate xyplots, and most of that functionality is also available here. To be more precise, the function repeatedly calls panel.xyplot.flowframe to do the actual plotting. Please see its documentation for details.
该函数的流动参数每个flowFrame的数据绘制散点图矩阵。在大多数情况下，一个可以想一想，作为一个单独的xyplots，该功能也可在这里。矩形排列为了更准确，功能一再呼吁panel.xyplot.flowframe做实际的绘制。请查看其详细信息的文档。


方法----------Methods----------




splom signature(x = "flowFrame", data = "missing"): Creates a scatter plot matrix for a whole flowFrame. The actual plotting is done by panel.xyplot.flowframe, so most additional arguments from the regular xyplot are
splomsignature(x = "flowFrame", data = "missing")：创建整个flowFrame散点图矩阵。 panel.xyplot.flowframe，所以大多数额外经常xyplot是参数的实际绘制完成


作者（S）----------Author(s)----------


F. Hahne, D. Sarkar



参见----------See Also----------

Not all standard lattice arguments will have the intended effect, but many should.  For a fuller description of possible arguments and their effects, consult documentation on lattice.
并非所有标准的晶格参数将产生预期的效果，但很多应该。一个可能的参数和它们的影响有更全面的描述，咨询晶格上的文件。


举例----------Examples----------



data(GvHD)

tf <- transformList(colnames(GvHD)[3:7], asinh)
dat <- tf %on% GvHD[[3]]


## scatter plot matrix of individual flowFrames[＃分散个别flowFrames图矩阵]
lattice.options(panel.error=NULL)
splom(dat)

splom(dat[,1:3], smooth = FALSE)


## displaying filters[＃显示过滤器]
rg <- rectangleGate("FSC-H"=c(200,400), "SSC-H"=c(300,700),
"FL1-H"=c(2,4), "FL2-A"=c(4,7))
splom(dat, filter=rg)

splom(dat, filter=rectangleGate("FSC-H"=c(400,800)))

splom(dat[,1:4], smooth = FALSE, filter=norm2Filter("FSC-H", "SSC-H", scale=1.5))



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