R语言 flowStats包 landmarkMatrix()函数中文帮助文档(中英文对照)

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landmarkMatrix(flowStats)
landmarkMatrix()所属R语言包：flowStats

                                         Compute and cluster high density regions in 1D
                                         在一维计算和聚类的高密度区域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This functions first identifies high-density regions for each flowFrame in a flowSet and subsequently tries to cluster these regions, yielding the landmarks matrix that needs to be supplied to landmarkreg. The function is considered to be internal.
这个函数首先确定每个flowFrame在高密度区域的一个flowSet“，并随后试图聚类这些区域，产生的地标矩阵，需要提供landmarkreg。被认为是内部的函数。


用法----------Usage----------


landmarkMatrix(data, fres, parm, border=0.05, peakNr=NULL, densities =
NULL, n = 201, indices=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：data
A flowSet.  
AflowSet。


参数：fres
A list of filterResultList objects generated by a filtering opration using a curv1Filter. Each list item represents the results for one of the flow parameters in parm.
filterResultList使用curv1Filter过滤opration生成的对象名单。每个列表项代表为parm流参数的结果。


参数：parm
Character scalar of flow paramater to compute landmarks for.  
字符流paramater标量来计算的地标。


参数：border
A numeric in [0,1]. Ignore all high-density regions with mean values in the extreme percentiles of the data range.  
在[0,1]数字。忽略所有数据范围的极端百分平均值高密度区域。


参数：peakNr
Force a fixed number of peaks.  
强制固定数量的高峰。


参数：densities
An optional matrix of y values of the density estimates for the flowSet. If this is not present, density estimates will be calculated by the function.  
一个可选的y值的密度矩阵估计为flowSet。如果这是不存在的，将计算密度估计函数。


参数：n
Number of bins used for the density estimation.  
用于密度估计的垃圾桶数量。


参数：indices
Return matrix of population indices instead of landmark locations. These indices can be used to point into the populations identified by the curv1Filter.
返回矩阵人口指数，而不是具有里程碑意义的地点。这些指标可以用来，指向到的curv1Filter确定人口。


Details

详情----------Details----------

In order to normalize the data using the landmarkreg function in the fda, a set of landmarks has to be computed for each flowFrame in a flowSet. The number of lansmarks has to be the same for each frame. This function identifies high-density regions in each frame, computes a simple clustering and returns a matrix of landmark locations. Missing landmarks of individual frames are substituted by the mean landmark location of the respective cluster.
为了规范使用landmarkregfda函数的数据，一组地标被计算在每个flowFrameflowSet。数量lansmarks是相同的每一帧。此功能在每一帧标识的高密度区域，计算出一个简单的聚类和矩阵返回一个具有里程碑意义的地点。个别帧丢失的地标所取代各自的聚类平均具有里程碑意义的位置。


值----------Value----------

A matrix of landmark locations. Columns are landmarks and rows are flowFrames.
一个具有里程碑意义的地点的矩阵。列的地标和行flowFrames。


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Hahne



参见----------See Also----------

landmarkreg,warpSet  
landmarkreg，warpSet


举例----------Examples----------



data(GvHD)
tmp <- list("FSC-H"=filter(GvHD[1:3], curv1Filter("FSC-H")))
res <-  flowStats:::landmarkMatrix(GvHD[1:3], tmp, "FSC-H")


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