R语言 flowPhyto包 classifyFile()函数中文帮助文档(中英文对照)

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classifyFile(flowPhyto)
classifyFile()所属R语言包：flowPhyto

                                        Cluster the different Phytoplankton Populations
                                         聚类中的不同的浮游植物

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

classify the different cell populations from an OPP or FCS file according to a  pre-defined parameters of population definition and output a consensus vector.
分类，从不同的单元群OPP或FCS文件根据共识向量人口的定义和输出一个预先定义的参数。

For each group of OPP or FCS file, the function outputs a single vector file (consensus.vct) that contains the population identification of each single cell. The function is run in single OPP or FCS file increments to provide multiple vector files over each OPP or FCS file and strengthen the clustering analysis.
对于每个组OPP或FCS文件，函数输出一个单一的矢量文件（consensus.vct），其中包含每一个单单元的人口识别。该功能运行在单一的OPP或FCS文件的增量提供了每个OPP或FCS文件的多个矢量文件，并加强了聚类分析。


用法----------Usage----------


classifyFile(opp.path, concat.ct=3, output.path=getCruisePath(opp.path),
                def.path=paste(getCruisePath(opp.path),'pop.def.tab',sep=''), func=2, varnames= CHANNEL.CLMNS.SM, numc=0, noise=0)



参数----------Arguments----------

参数：opp.path
Path to OPP file.
方式OPP文件的路径。


参数：concat.ct
Number of OPP files to concatenate at a time.
号文件的方式OPP连接一次。


参数：output.path
Path to the directory where you wish to output data.
你要输出数据的目录的路径。


参数：func
Choose between Classify (func = 1) or Classify2 (func = 2, by default) function
选择分类（FUNC = 1）或Classify2（FUNC = 2，默认情况下）功能


参数：varnames
A character vector specifying the variables (columns) to be included in clustering when choosing flowMeans.
指定一个字符向量聚类包括在选择flowMeans时必须在变量（列）。


参数：numc
Number of clusters when choosing flowMeans. If set to 0 (default) the value matches the number of populations defined in pop.def table . If set to NA, the optimal number of clusters will be estimated automatically.
的聚类在选择flowMeans时数。如果设置为0（默认）值pop.def表中定义的人口数量相匹配。如果设置为NA，最优簇数目将自动估计。


参数：noise
Set up the noise threshold for phytoplankton cells. Only cells with chlorophyll value higher than the noise will be clustered
成立浮游植物单元的噪声阈值。叶绿素值较高的噪声只有单元将聚集


参数：def.path
Path to the file that defines how to gate & cluster the events into populations.
路径的文件，它定义如何门及聚类成群体事件。


值----------Value----------

a consensus vector file composed of one single column indicating population assignment of each event from the OPP or FCS file.
矢量文件组成一个单一的人口分配每个事件从OPP或FCS文件列共识。


举例----------Examples----------


example.cruise.name <- 'seaflow_cruise'
temp.out.dir <- '.'

seaflow.path <- system.file("extdata", example.cruise.name, package="flowPhyto")
file.copy(from=seaflow.path, to=temp.out.dir, recursive=TRUE)

classifyFile(paste(temp.out.dir,'/',example.cruise.name,'/2011_001/1.evt.opp',sep=''), func=1)
unlink(example.cruise.name, recursive=TRUE)


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