R语言 flowFlowJo包 readFlowJoList()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readFlowJoList(flowFlowJo)
readFlowJoList()所属R语言包：flowFlowJo

                                        Parse one or more FlowJo workspaces
                                         解析一个或多个FlowJo工作区

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Gather up and organize all of the gates, transformations, and compensation matrices in a FlowJo workspace or list of FlowJo workspaces.
收集和组织所有的大门，转换，在FlowJo FlowJo工作区，工作区或列表的补偿矩阵。


用法----------Usage----------


readFlowJoList(workspaceVec, altFileLocation)



参数----------Arguments----------

参数：workspaceVec
a list (or vector or single character string) of the path to FlowJo workspace(s) one wants to parse  
列表中的FlowJo工作区（S）的路径的（或向量或单个字符串）想解析


参数：altFileLocation
an alternate location to the FCS files may be supplied.  See details below
可提供的FCS文件的备用位置。下面详细说明


Details

详情----------Details----------

FlowJo is a commercial flow cytometry application from the company TreeStar, Inc. The 'save' format for FlowJo is the FlowJo workspace.  A FlowJo workspace is an XML document that specifies all of the information necessary to recapitulate the exact user experience in the program at the time of the save.  This files includes information on the location of all the relevant FCS files, their grouping, transformation, compensation, gating, and graphical displays last used by the researcher.
FlowJo是商业流，从的公司TreeStar，公司流式单元仪的应用“保存”FlowJo格式是FlowJo工作区。一个的FlowJo工作区是一个XML文档，指定所有必要的信息，在保存的时间复述在程序的确切用户体验。这个文件包括FCS的所有相关文件的位置，他们的组合，变换，补偿，浇注，最后由研究员使用的图形显示的信息。

In some cases a FlowJo workspace and the associated FCS files need to be moved on the file system.  If this is done the paths to the FCS files as embedded in the workspace will be stale (wrong).  The altFileLocation argument allows the user to supply an alternate path to the FCS files.
在某些情况下，的FlowJo工作区和相关的FCS文件需要将文件系统上的移动。如果这样做嵌入在工作区中的FCS文件的路径将是过时的（错误）。 altFileLocation参数允许用户提供备用路径的FCS文件。

The readFlowJoList method parses one or more FlowJo workspaces collecting all of the gate structures designed by the user.  These gating structures are converted to flowCore style filter objects.  Furthermore, because FlowJo users are often interested in not only the results of the final (i.e. terminal tip) gate, but also the results of many of the intermediate gates, readFlowJoList collects together all possible ordered subgates and chains them together as  intersect-filter objects.  Thus, if the user specifies the following gating scheme in FlowJo:
readFlowJoList方法解析一个或多个的FlowJo工作区收集所有用户设计的闸门结构。这些门的结构转换，以flowCore式过滤器的对象。此外，因为FlowJo用户往往不仅结果最终门（即终端的尖端），但也许多中间门的结果感兴趣，readFlowJoList收集所有可能的有序subgates和连锁他们一起作为相交过滤对象。因此，如果用户指定FlowJo在下面的浇注方案：


值----------Value----------

readFlowJoList returns a flowJoList.  A flowJoList is essentially a list of lists containing the gating structures, compensation matrices, and other information related to a set of FlowJo workspaces.
readFlowJoList返回一个flowJoList。一个flowJoList基本上是浇注结构，补偿矩阵，以及有关的其他资料，以一套FlowJo工作区的列表列表。


注意----------Note----------

For more details see:  The flowFlowJo vignette at ../doc/flowFlowJo.pdf  FlowJo on the web at: http://www.flowjo.com/  
详细内容见：在网络上在.. / DOC / flowFlowJo.pdf的FlowJo flowFlowJo小插曲：http://www.flowjo.com/


作者（S）----------Author(s)----------


John Gosink



举例----------Examples----------



demoLocation <- system.file("extdata", "DemoWorkspace.wsp", package="flowFlowJo");
actualFCSLoc <- system.file("extdata/fcsFiles", package="flowFlowJo");
testList     <- readFlowJoList(demoLocation, altFileLocation=actualFCSLoc);


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注：
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