R语言 flowCore包 logicleTransform()函数中文帮助文档(中英文对照)

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logicleTransform(flowCore)
logicleTransform()所属R语言包：flowCore

                                        Computes a transform using the 'logicle_transform' function
                                         计算转换使用的“logicle_transform功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Logicle transformation creates a subset of biexponentialTransform hyperbolic sine transformation functions that provides several advantages over linear/log  transformations for display of flow cytometry data. (The logicleTransform method  makes use of the C++ implementation of the logicle transform contributed by Wayne Moore et al.)
logicle改造biexponentialTransform双曲正弦变换功能，提供了线性/对数变换的几个优势，流式单元仪数据显示，创建一个子集。 （logicleTransform方法使用的C + +执行logicle的转换由韦恩·摩尔等作出了贡献。）


用法----------Usage----------


logicleTransform(transformationId="defaultLogicleTransform", w = 0.5, t = 262144,
        m = 4.5, a = 0)
estimateLogicle(x, channels)



参数----------Arguments----------

参数：transformationId
A name to assign to the transformation. Used by the transform/filter  routines.   
一个名称分配的转变。使用变换/过滤器例程。


参数：w
w is the linearization width in asymptotic decades. w should be > 0 and  determines the slope of  transformation at zero. w can be estimated using the equation  w=(m-log10(t/abs(r)))/2, where r is the most negative value to be included in the  display  
w是在渐近十年线性宽度。瓦特应该是> 0，并决定在零改造坡。 W可以使用公式估计W =（M-LOG10（T / ABS（R）））/ 2，其中r是最消极的价值，在显示


参数：t
Top of the scale data value, e.g, 10000 for common 4 decade data or 262144 for a 18 bit data range. t should be greater than zero
大规模的数据值，例如，常见的4十年的数据或10000 262144热门的18位数据的范围。 T应该大于零


参数：m
m is the full width of the transformed display in asymptotic decades. m should be greater than zero
m是全宽的在渐近十年转化显示。 M应该大于零


参数：a
Additional negative range to be included in the display in asymptotic  decades. Positive values of the argument brings additional negative input values into the transformed display viewing area. Default value is zero corresponding  to a Standard logicle function.
额外的负范围包括显示渐近十年。正面的价值观的说法带来了额外的负输入值转化的屏幕显示面积。默认值是零相应标准logicle功能。


参数：x
Input flow frame for which the logicle transformations are to be estimated.
输入流帧为，其中logicle转换估计。


参数：channels
Flouresence channels for which the logicle transformation is to  be estimated.
flouresence渠道的是要估计，其中logicle转型。


作者（S）----------Author(s)----------


Wayne Moore, N Gopalakrishnan



参考文献----------References----------

method avoids deceptive effects of logarithmic scaling for low signals

参见----------See Also----------

inverseLogicleTransform,
inverseLogicleTransform


举例----------Examples----------


data(GvHD)
samp <- GvHD[[1]]
## User defined logicle function[＃用户自定义logicle功能]
lgcl <- logicleTransform( w = 0.5, t= 10000, m =4.5)
after <- transform(samp, `FL1-H` = lgcl(`FL1-H`), `FL2-H` = lgcl(`FL2-H`))
invLgcl <- inverseLogicleTransform(trans = lgcl)
before <- transform (after,  `FL1-H`= invLgcl(`FL1-H`), `FL2-H` = invLgcl(`FL2-H`))

## Automatically estimate the logicle transformation based on the data[＃自动估计的logicle的转型的基础上的数据]
lgcl <- estimateLogicle(samp, channels = c("FL1-H", "FL2-H", "FL3-H", "FL2-A", "FL4-H"))
## transform  parameters using the estimated logicle transformation[＃转换参数估计logicle转换]
after <- transform(samp, lgcl)


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