R语言 flagme包 parseELU()函数中文帮助文档(中英文对照)

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parseELU(flagme)
parseELU()所属R语言包：flagme

                                        Parser for ELU files
                                         ELU的文件解析器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads ASCII ELU-format files from AMDIS (Automated Mass Spectral Deconvolution and Identification System)
AMDIS的（自动质谱去卷积和识别系统）读取的ASCII ELU的格式文件


用法----------Usage----------


parseELU(f,min.pc=.01,mz=seq(50,550),rt.cut=.008,rtrange=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：f
ELU filename to read.
ELU的文件名读取。


参数：min.pc
minimum percent of maximum intensity.
最大强度的最低％。


参数：mz
vector of mass-to-charge bins of raw data table.
向量的原始数据表的质量负责垃圾箱。


参数：rt.cut
the difference in retention time, below which peaks are merged together.
保留时间的差异，低于该峰合并在一起。


参数：rtrange
retention time range to parse peaks from, can speed up parsing if only interested in a small region (must be numeric vector of length 2)
保留时间范围解析峰，可以加快解析，如果只在一个狭小的区域感兴趣（必须是numeric向量长度为2）


Details

详情----------Details----------

parseELU will typically be called by addAMDISPeaks, not called directly.
parseELU通常会被称为addAMDISPeaks，而不是直接调用。

Peaks that are detected within rt.cut are merged together.  This avoids peaks which are essentially overlapping.
内rt.cut检测峰合并在一起。这避免了基本上是重叠的山峰。

Fragments that are less than min.pc of the maximum intensity fragment are discarded.
小于min.pc最大强度片段的片段，被丢弃。


值----------Value----------

list with components peaks (table of spectra – rows are mass-to-charge and columns are the  different detected peaks) and tab (table of features for each detection), according to what is stored in  the ELU file.
listpeaks（谱表 - 行负责质量和列的组件是不同的检测峰）和tab（每个检测的功能表），根据什么是存储在ELU的文件。


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



参考文献----------References----------

PhD dissertation University of Melbourne.

参见----------See Also----------

addAMDISPeaks
addAMDISPeaks


举例----------Examples----------


require(gcspikelite)

# paths and files[路径和文件]
gcmsPath<-paste(.find.package("gcspikelite"),"data",sep="/")
eluFiles<-dir(gcmsPath,"ELU",full=TRUE)

# parse ELU file[解析ELU的文件]
eluList<-parseELU(eluFiles[1])

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