R语言 flagme包 parseChromaTOF()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

parseChromaTOF(flagme)
parseChromaTOF()所属R语言包：flagme

                                        Parser for ChromaTOF files
                                         ChromaTOF文件解析器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads ASCII ChromaTOF-format files from AMDIS (Automated Mass Spectral Deconvolution and Identification System)
AMDIS的（自动质谱去卷积和识别系统）读取的ASCII ChromaTOF格式的文件


用法----------Usage----------


parseChromaTOF(fn,min.pc=.01,mz=seq(85,500),rt.cut=.008,rtrange=NULL,skip=1,rtDivide=60)



参数----------Arguments----------

参数：fn
ChromaTOF filename to read.
ChromaTOF文件名读取。


参数：min.pc
minimum percent of maximum intensity.
最大强度的最低％。


参数：mz
vector of mass-to-charge bins of raw data table.
向量的原始数据表的质量负责垃圾箱。


参数：rt.cut
the difference in retention time, below which peaks are merged together.
保留时间的差异，低于该峰合并在一起。


参数：rtrange
retention time range to parse peaks from, can speed up parsing if only interested in a small region (must be numeric vector of length 2)
保留时间范围解析峰，可以加快解析，如果只在一个狭小的区域感兴趣（必须是numeric向量长度为2）


参数：skip
number of rows to skip at beginning of the ChromaTOF
行数跳过开始的ChromaTOF


参数：rtDivide
multiplier to divide the retention times by (default: 60)
乘数来划分的保留时间（默认是：60）


Details

详情----------Details----------

parseChromaTOF will typically be called by addChromaTOFPeaks, not called directly.
parseChromaTOF通常会被称为addChromaTOFPeaks，而不是直接调用。

Peaks that are detected within rt.cut are merged together.  This avoids peaks which are essentially overlapping.
内rt.cut检测峰合并在一起。这避免了基本上是重叠的山峰。

Fragments that are less than min.pc of the maximum intensity fragment are discarded.
小于min.pc最大强度片段的片段，被丢弃。


值----------Value----------

list with components peaks (table of spectra – rows are mass-to-charge and columns are the  different detected peaks) and tab (table of features for each detection), according to what is stored in  the ChromaTOF file.
listpeaks（谱表 - 行负责质量和列的组件是不同的检测峰）和tab（每个检测的功能表），根据什么存储在ChromaTOF文件。


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



参考文献----------References----------

PhD dissertation University of Melbourne.

参见----------See Also----------

addAMDISPeaks
addAMDISPeaks


举例----------Examples----------


require(gcspikelite)

# paths and files[路径和文件]
gcmsPath<-paste(.find.package("gcspikelite"),"data",sep="/")
tofFiles<-dir(gcmsPath,"tof",full=TRUE)

# parse ChromaTOF file[解析ChromaTOF文件]
cTofList<-parseChromaTOF(tofFiles[1])

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