R语言 flagme包 gatherInfo()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

gatherInfo(flagme)
gatherInfo()所属R语言包：flagme

                                        Gathers abundance informations from an alignment
                                         集丰富的信息，从一个对齐

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given an alignment table (indices of matched peaks across several samples) such as that within a progressiveAlignment or multipleAlignment object,  this routines goes through the raw data and collects the abundance of each fragment peak, as well as the retention times across the samples.
鉴于校准表，如内（跨越多个样本指数的匹配峰）progressiveAlignment或multipleAlignment对象，这个例程通过原始数据和收集每一个片段峰的丰度，以及整个样品的保留时间。


用法----------Usage----------


gatherInfo(pD, obj, newind = NULL, method = c("apex"), findmzind = TRUE, useTIC = FALSE, top = NULL, intensity.cut = 0.05)



参数----------Arguments----------

参数：pD
a peaksDataset object, to get the abundance data from  
peaksDataset对象，以获得丰富的数据，从


参数：obj
either a multipleAlignment or progressiveAlignment object
无论是multipleAlignment或progressiveAlignment对象


参数：newind
list giving the  
列出给予


参数：method
method used to gather abundance information, only apex implemented currently.
用来收集丰富信息的方法，只有apex实施目前。


参数：findmzind
logical, whether to take a subset of all m/z indices
逻辑，是否采取了所有的m / z指数的子集


参数：useTIC
logical, whether to use total ion current for abundance summaries
逻辑，是否使用总离子流丰摘要


参数：top
only use the top top peaks
只用顶端top峰


参数：intensity.cut
percentage of the maximum intensity
最大强度的百分比


Details

详情----------Details----------

This procedure loops through the the table of matched peaks and gathers the
此过程遍历匹配的峰表和集


值----------Value----------

Returns a list (of lists) for each row in the alignment table.  Each list has 3 elements:
对齐表中的每一行返回一个列表（列表）。每个列表有3个要素：


参数：mz
a numerical vector of the m/z fragments used
数值向量的使用的m / z片段


参数：rt
a numerical vector for the exact retention time of each peak across all samples
为每个峰的确切保留时间，在所有样品的数值向量


参数：data
matrix of fragment intensities.  If useTIC=TRUE, this matrix will have a single row
矩阵片段强度。如果useTIC=TRUE的，这个矩阵将有一个单独的行


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



参考文献----------References----------

PhD dissertation University of Melbourne.

参见----------See Also----------

imputePeaks
imputePeaks


举例----------Examples----------


require(gcspikelite)

# paths and files[路径和文件]
gcmsPath<-paste(.find.package("gcspikelite"),"data",sep="/")
cdfFiles<-dir(gcmsPath,"CDF",full=TRUE)
eluFiles<-dir(gcmsPath,"ELU",full=TRUE)

# read data, peak detection results[读取数据，峰值检测结果]
pd<-peaksDataset(cdfFiles[1:2],mz=seq(50,550),rtrange=c(7.5,8.5))
pd<-addAMDISPeaks(pd,eluFiles[1:2])

# multiple alignment[多序列比对]
ma<-multipleAlignment(pd,c(1,1),wn.gap=0.5,wn.D=.05,bw.gap=0.6,bw.D=.2,usePeaks=TRUE,filterMin=1,df=50,verbose=TRUE)

# gather apex intensities[收集先端强度]
d<-gatherInfo(pd,ma)

# table of retention times[保留时间的表]
nm<-list(paste("MP",1:length(d),sep=""),c("S1","S2"))
rts<-matrix(unlist(sapply(d,.subset,"rt")),byrow=TRUE,nc=2,dimnames=nm)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。