R语言 flagme包 calcTimeDiffs()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

calcTimeDiffs(flagme)
calcTimeDiffs()所属R语言包：flagme

                                        Calculate retention time shifts from profile alignments
                                         从剖面路线计算的保留时间的变化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes the set of all pairwise profile alignments and use these to estimate retention time shifts between each pair of samples.  These will then be used to normalize the retention time penalty of the signal peak alignment.
此功能需要的所有成对配置的路线设置和使用这些估计彼此之间对样品的保留时间的变化。这些将被用来标准化的保留时间的信号峰对齐罚款。


用法----------Usage----------


calcTimeDiffs(pd,ca.full,verbose=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：pd
a peaksDataset object
peaksDataset对象


参数：ca.full
a clusterAlignment object, fit with  
clusterAlignment对象，适合


参数：verbose
logical, whether to print out information
逻辑，无论是打印出来的信息


Details

详情----------Details----------

Using the set of profile alignments,
使用一套轮廓路线，


值----------Value----------

list of same length as ca.full@alignments with the matrices giving the retention time penalties.
list相同长度为ca.full@alignments矩阵给予保留时间处罚。


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



参考文献----------References----------

PhD dissertation University of Melbourne.

参见----------See Also----------

peaksAlignment, clusterAlignment
peaksAlignment，clusterAlignment


举例----------Examples----------


require(gcspikelite)

# paths and files[路径和文件]
gcmsPath<-paste(.find.package("gcspikelite"),"data",sep="/")
cdfFiles<-dir(gcmsPath,"CDF",full=TRUE)
eluFiles<-dir(gcmsPath,"ELU",full=TRUE)

# read data, peak detection results[读取数据，峰值检测结果]
pd<-peaksDataset(cdfFiles[1:2],mz=seq(50,550),rtrange=c(7.5,8.5))
pd<-addAMDISPeaks(pd,eluFiles[1:2])

# pairwise alignment using all scans[两两对齐，使用所有扫描]
fullca<-clusterAlignment(pd, usePeaks = FALSE, df = 100)

# calculate retention time shifts[计算保留时间的变化]
timedf<-calcTimeDiffs(pd, fullca)

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