betweenAlignment(flagme)
betweenAlignment()所属R语言包：flagme
Data Structure for "between" alignment of many GCMS samples
数据结构“之间的”GCMS样品对准
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function creates a "between" alignment (i.e. comparing merged peaks)
这个函数创建“之间的”对齐（即比较合并峰）
用法----------Usage----------
betweenAlignment(pD,cAList,pAList,impList,filterMin=3,gap=0.7,D=10,usePeaks=TRUE,df=30,verbose=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：pD
a peaksDataset object
peaksDataset对象
参数：cAList
list of clusterAlignment objects, one for each experimental group
listclusterAlignment对象，每个实验组
参数：pAList
list of progressiveAlignment objects, one for each experimental group
listprogressiveAlignment对象，每个实验组
参数：impList
list of imputation lists
list归集名单
参数：filterMin
minimum number of peaks within a merged peak to be kept in the analysis
在合并后的高峰要保持在最低峰分析
参数：gap
gap parameter
差距参数
参数：D
retention time penalty parameter
保留时间的惩罚参数
参数：usePeaks
logical, whether to use peaks (if TRUE) or the full 2D profile alignment (if FALSE)
逻辑，是否使用峰（TRUE）或全二维轮廓对齐（如果FALSE）
参数：df
distance from diagonal to calculate similarity
从对角线的距离来计算相似
参数：verbose
logical, whether to print information
逻辑，是否要打印的信息
Details
详情----------Details----------
betweenAlignment objects gives the data structure which stores the result of an alignment across several "pseudo" datasets. These pseudo datasets are constructed by merging the "within" alignments.
betweenAlignment对象给出的数据结构存储跨越几个“伪”数据集的对齐结果。这些伪数据集的构建，通过合并“之内”的路线。
值----------Value----------
betweenAlignment object
betweenAlignment对象
作者（S）----------Author(s)----------
Mark Robinson
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
multipleAlignment
multipleAlignment
举例----------Examples----------
require(gcspikelite)
# see 'multipleAlignment'[见multipleAlignment]
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发表于 2012-2-25 17:35:20
