R语言 fastseg包 toDNAcopyObj()函数中文帮助文档(中英文对照)

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toDNAcopyObj(fastseg)
toDNAcopyObj()所属R语言包：fastseg

                                        Function to create a DNAcopy object for plot functions.
                                         功能创建一个图职能DNAcopy对象。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to create a DNAcopy object for plot functions.
功能创建一个图职能DNAcopy对象。


用法----------Usage----------


  toDNAcopyObj(segData, chrom, maploc, genomdat,
  sampleNames)



参数----------Arguments----------

参数：segData
The results of the segmentation.
分割的结果。


参数：chrom
The vector of the chromosomes from the original data.
从原始数据向量的染色体。


参数：maploc
A vector with the physical positions of the original data.
一个向量与原始数据的物理位置。


参数：genomdat
A matrix with the original data.
与原始数据矩阵。


参数：sampleNames
The sample names of the original data.
原始数据样本名。


值----------Value----------

An DNAcopy equivalent object.
相当于一个DNAcopy对象。


作者（S）----------Author(s)----------



Andreas Mitterecker




举例----------Examples----------


library(fastseg)

#####################################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
### the data[＃数据]
#####################################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
data(coriell)
head(coriell)

samplenames <- colnames(coriell)[4:5]
data <- as.matrix(coriell[4:5])
data[is.na(data)] <- median(data, na.rm=TRUE)
chrom <- coriell$Chromosome
maploc <- coriell$Position


###########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃]
## GRanges[＃农庄]
###########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃]

library("GenomicRanges")

## with both individuals[不论是个人＃]
gr <- GRanges(seqnames=chrom,
ranges=IRanges(maploc, end=maploc))
elementMetadata(gr) <- data
colnames(elementMetadata(gr)) <- samplenames
res <- fastseg(gr)

segres <- toDNAcopyObj(
segData     = res,
chrom       = as.character(seqnames(gr)),
maploc      = as.numeric(start(gr)),
genomdat    = data,
sampleNames = samplenames)

## with one individual[＃一个人]
gr2 <- gr
data2 <- as.matrix(data[, 1])
colnames(data2) <- "sample1"
elementMetadata(gr2) <- data2
res <- fastseg(gr2)

segres <- toDNAcopyObj(
segData     = res,
chrom       = as.character(seqnames(gr)),
maploc      = as.numeric(start(gr)),
genomdat    = as.matrix(data2),
sampleNames = unique(elementMetadata(res)$ID))


###########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃]
## vector[＃向量]
###########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃]
data2 <- data[, 1]
res <- fastseg(data2)
segres <- toDNAcopyObj(
segData     = res,
chrom       = rep(1, length(data2)),
maploc      = 1:length(data2),
genomdat    = as.matrix(data2),
sampleNames = "sample1")


###########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃]
## matrix[＃矩阵]
###########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃]
data2 <- data[1:400, ]
res <- fastseg(data2)
segres <- toDNAcopyObj(
segData     = res,
chrom       = rep(1, nrow(data2)),
maploc      = 1:nrow(data2),
genomdat    = as.matrix(data2),
sampleNames = colnames(data2))


###########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃]
## Expression set object[＃表达集对象]
###########################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃]
library(oligo)
eSet <- new("ExpressionSet")
assayData(eSet) <- list(intensity=data)

featureData(eSet) <- new("AnnotatedDataFrame",
data=data.frame(
chrom = chrom,
start = maploc,
end   = maploc))
phenoData(eSet) <- new("AnnotatedDataFrame",
data=data.frame(samples=samplenames))
sampleNames(eSet) <- samplenames
res <- fastseg(eSet)

segres <- toDNAcopyObj(
segData     = res,
chrom       = rep(1, nrow(data)),
maploc      = maploc,
genomdat    = as.matrix(data),
sampleNames = colnames(data))


#####################################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
### plot the segments[＃绘制分部的]
#####################################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

library(DNAcopy)
plot(segres)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。