segPlot(fastseg)
segPlot()所属R语言包：fastseg
Plots the data from a copy number array experiment (aCGH, ROMA etc.) along with the results of segmenting it into regions of equal copy
从拷贝数阵列实验（aCGH，罗马等）的数据沿图分割成相等的副本区域的结果
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plots the data from a copy number array experiment (aCGH, ROMA etc.) along with the results of segmenting it into regions of equal copy numbers.
图从拷贝数阵列实验，随着区域平等的拷贝数分割成的结果（aCGH，罗马等）的数据。
用法----------Usage----------
segPlot(x, res, plot.type = "chrombysample",
altcol = TRUE, sbyc.layout = NULL, cbys.nchrom = 1,
cbys.layout = NULL, include.means = TRUE,
zeroline = TRUE, pt.pch = NULL, pt.cex = NULL,
pt.cols = NULL, segcol = NULL, zlcol = NULL,
ylim = NULL, lwd = NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
The object that was segmented by fastseg.
对象是fastseg分段。
参数：res
The result of fastseg.
结果的fastseg。
参数：plot.type
the type of plot. (Default = "s").
图类型。 （默认=“S”）。
参数：altcol
logical flag to indicate if chromosomes should be plotted in alternating colors in the whole genome plot. (Default = TRUE).
逻辑标志来表明，如果染色体应交替颜色在整个基因组的图策划。 （默认值= TRUE）。
参数：sbyc.layout
layout settings for the multifigure grid layout for the "samplebychrom" type. It should be specified as a vector of two integers which are the number of rows and columns. The default values are chosen based on the number of chromosomes to produce a near square graph. For normal genome it is 4x6 (24 chromosomes) plotted by rows. (Default = NULL).
layout设置为“samplebychrom型multifigure网格布局。它应该被指定为两个整数的行和列数的向量。选择默认值的染色体数目的基础上产生一个近正方形图。对于正常的基因，它是4X6（24染色体）按行绘制。 （默认=空）。
参数：cbys.layout
layout settings for the multifigure grid layout for the "chrombysample" type. As above it should be specified as number of rows and columns and the default chosen based on the number of samples. (Default = NULL).
layout设置为“chrombysample型multifigure网格布局。如上所述，它应该被指定为行和列的数目，默认选择的样本数量的基础上。 （默认=空）。
参数：cbys.nchrom
the number of chromosomes per page in the layout. (Default = 1).
在布局中的的每页染色体数目。 （默认值= 1）。
参数：include.means
logical flag to indicate whether segment means are to be drawn. (Default = TRUE).
逻辑标志来表明是否是要绘制的部分手段。 （默认值= TRUE）。
参数：zeroline
logical flag to indicate whether a horizontal line at y=0 is to be drawn. (Default = TRUE).
逻辑标志来表明是否将被绘制在Y = 0的水平线是。 （默认值= TRUE）。
参数：pt.pch
the plotting character used for plotting the log-ratio values. (Default = ".")
用于绘图log比值绘制字符。 （默认=“。”）
参数：pt.cex
the size of plotting character used for the log-ratio values (Default = 3).
log比率值（默认值为3）用于绘制字符的大小。
参数：pt.cols
the color list for the points. The colors alternate between chromosomes. If missing the point colors are black and green.
点的颜色列表。染色体之间的交替颜色。如果缺少点的颜色是黑色和绿色。
参数：segcol
the color of the lines indicating the segment means. (Default = "red").
说明段的线的颜色是指。 （默认=“红色”）。
参数：zlcol
the color of the zeroline. (Default = "grey").
颜色的zeroline。 （默认=“灰色”）。
参数：ylim
this argument is present to override the default limits which is the range of symmetrized log-ratios. (Default = NULL).
这种说法是目前覆盖默认的限制，这是对称log比率的范围。 （默认=空）。
参数：lwd
line weight of lines for segment mean and zeroline. (Default = 3).
线路段线的重量意味着zeroline。 （默认值= 3）。
参数：...
other arguments which will be passed to plot commands.
这将传递给plot命令的其他参数。
值----------Value----------
A plot of the values and segments.
一个图的价值观和段。
作者（S）----------Author(s)----------
klambaue
举例----------Examples----------
data(coriell)
head(coriell)
samplenames <- colnames(coriell)[4:5]
data <- as.matrix(coriell[4:5])
chrom <- coriell$Chromosome
maploc <- coriell$Position
library("GenomicRanges")
gr <- GRanges(seqnames=chrom,
ranges=IRanges(maploc, end=maploc))
elementMetadata(gr) <- data
colnames(elementMetadata(gr)) <- samplenames
res <- fastseg(gr)
segPlot(gr,res)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 17:34:32
