readSamplesSpfabia(fabia)
readSamplesSpfabia()所属R语言包:fabia
Factor Analysis for Bicluster Acquisition: Read Sparse Matrix Samples
Bicluster收购的因素分析:阅读稀疏矩阵样品
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
readSamplesSpfabia: C implementation of readSamplesSpfabia.
readSamplesSpfabia:C的readSamplesSpfabia实施。
用法----------Usage----------
readSamplesSpfabia(X,samples=0,lowerB=0.0,upperB=1000.0)
参数----------Arguments----------
参数:X
the file name of the sparse matrix in sparse format.
稀疏矩阵稀疏格式的文件名。
参数:samples
vector of samples which should be read; default = 0 (all samples)
应读的样本向量;默认值= 0(所有样本)
参数:lowerB
lower bound for filtering the inputs columns, the minimal column sum; default = 0.0.
过滤输入列,最小的列的总和降低的约束;默认值= 0.0。
参数:upperB
upper bound for filtering the inputs columns, the maximal column sum; default = 1000.0.
上部过滤的输入列,最大列的总和约束,默认值= 1000.0。
Details
详情----------Details----------
The data matrix is directly scanned by the C-code and must be in sparse matrix format.
由C代码和数据矩阵直接扫描必须在稀疏矩阵格式。
Sparse matrix format: *first line: numer of columns (the samples). *second line: number of rows (the features). *following lines: for each sample (column) three lines with
稀疏矩阵格式:*第一行:高等学校计算列(样品) *第二行的行数(功能)。 *以下行:每个样品(列)三线
I) number of nonzero row elements
我)数非零行元素
II) indices of the nonzero row elements
二)非零行元素的指数
III) values of the nonzero row elements
三)非零行元素的值
The code is implemented in C.
在C代码实现
值----------Value----------
X (data of the given samples)
X(给定的样本数据)
作者(S)----------Author(s)----------
Sepp Hochreiter
参考文献----------References----------
‘FABIA: Factor Analysis for Bicluster Acquisition’, Bioinformatics 26(12):1520-1527, 2010. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq227
参见----------See Also----------
fabia, fabias, fabiap, spfabia, readSamplesSpfabia, readSpfabiaResult, fabi, fabiasp, mfsc, nmfdiv, nmfeu, nmfsc, plot, extractPlot, extractBic, plotBicluster, Factorization, projFuncPos, projFunc, estimateMode, makeFabiaData, makeFabiaDataBlocks, makeFabiaDataPos, makeFabiaDataBlocksPos, matrixImagePlot, summary, show, showSelected, fabiaDemo, fabiaVersion
fabia,fabias,fabiap,spfabia,readSamplesSpfabia,readSpfabiaResult,fabi,fabiasp,mfsc,nmfdiv,nmfeu,nmfsc,plot,extractPlot,extractBic,plotBicluster,Factorization ,projFuncPos,projFunc,estimateMode,makeFabiaData,makeFabiaDataBlocks,makeFabiaDataPos,makeFabiaDataBlocksPos,matrixImagePlot summary,show,showSelected,fabiaDemo,fabiaVersion
举例----------Examples----------
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# TEST[试验]
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