subdivideGRanges(exomeCopy)
subdivideGRanges()所属R语言包:exomeCopy
Subdivide ranges of a GRanges object into nearly equal width ranges
细分的农庄对象范围分为几乎相等的宽度范围
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Takes an input GRanges object and, splits each range into multiple ranges of nearly equal width. For an input range of width w and subdividing size s, it will subdivide the range into max(1,floor(w/s)) nearly equal width ranges. The output is then a new GRanges object. This function can be used to split the targeted region (such as exons in exome enrichment experiments) into nearly equal width ranges.
注意到输入农庄对象,并分割成多个区域的宽度几乎等于每个范围。一个宽输入范围w和细分大小s,将max(1,floor(w/s))几乎相等宽度范围细分为范围。然后输出为一个新的农庄对象。使用此功能可以分成几乎相等的宽范围的目标区域(如外显子组浓缩试验外显子)。
用法----------Usage----------
subdivideGRanges(x,subsize=100)
参数----------Arguments----------
参数:x
An object of type GRanges.
一个农庄类型的对象。
参数:subsize
The desired width for the ranges in the output GRanges object.
该为在输出农庄对象范围所需的宽度。
值----------Value----------
A GRanges object with ranges from the input GRanges object subdivided to nearly subsize.
农庄从输入农庄对象与范围,对象细分为近subsize。
参见----------See Also----------
GRanges
GRanges
举例----------Examples----------
## read in target region BED file[#目标区域床文件读取]
target.file <- system.file("extdata", "targets.bed", package="exomeCopy")
target.df <- read.delim(target.file, header=FALSE,
col.names=c("seqname","start","end"))
## create GRanges object with 5 ranges over 2 sequences[#创建5范围农庄对象超过2序列]
target <- GRanges(seqname=target.df$seqname,
IRanges(start=target.df$start,end=target.df$end))
## subdivide into 7 smaller genomic ranges[#细分为7较小的基因组范围]
target.sub <- subdivideGRanges(target)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
|