R语言 eisa包 mnplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mnplot(eisa)
mnplot()所属R语言包：eisa

                                        Plot group means against each other, for an ISA module
                                         图组是指互相对抗，一个ISA模块

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot mean expression values for two sets of samples,
图意味着两套样本表达式的值，


用法----------Usage----------


mnplot (x, expset, group, ...)
ISAmnplot (modules, number, eset, norm = c("raw", "feature", "sample"),
     group, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A character vector, the feature names for which the plot is created.
一个特征向量，特征名称为创建该图。


参数：expset
An ExpressionSet object (Biobase package), or an expression matrix, with row names as feature names.
ExpressionSet对象（Biobase包），或表达矩阵，行名称与功能名称。


参数：eset
An ExpressionSet or ISAExpressionSet object. If an ExpressionSet object is supplied (and the norm argument is not set to "raw"), then it is normalised by calling ISANormalize on it. A subset of eset is selected that corresponds to the features included in modules.  
ExpressionSet或ISAExpressionSet对象。如果ExpressionSet对象提供（和norm参数没有被设置为“原始”），然后调用ISANormalize标准化。被选中对应的功能包括在esetmodules的一个子集。


参数：norm
Character constant, specifies whether and how to normalize the expression values to plot. "raw" plots the raw expression values, "feature" the expression values scaled and centered for each feature (=gene) separately and if "sample" is specified then the expression values are centered and scaled separately for each sample.
字符常量，指定是否以及如何标准化的表达式的值来绘制。 “原始”图的原始表达式的值，功能的表达式的值缩放，并为每个功能（基因）分别和“样本”，然后指定表达式的值集中，并调整每个样品分别为中心。


参数：group
A factor that defines two groups to plot one against the other.
定义两组绘制一个对其他的一个因素。


参数：modules
An ISAModules object.
ISAModules对象。


参数：number
A numeric scalar, the number of the module for which the plot is created.
一个数字标量，图创建的模块的数量。


参数：...
Additional arguments, they are passed to the plot function.
额外的参数，它们传递给plot功能。


Details

详情----------Details----------

mnplot plots two group-means against each other, the mean expression of all the specified probes. The two groups are specified as a factor with two levels.
mnplot绘制两条组互相对抗的手段，对所有指定的探针的平均表现。两组被指定为两个层次的一个因素。

ISAmnplot calls mnplot and plots the mean expression of genes in an ISA module, again, for two groups.
ISAmnplot调用mnplot“图平均一个ISA模块中的基因表达，再次为两组。


值----------Value----------

Both functions return invisibly a matrix with two lines, the mean expression values for the two groups, for all the specified genes.
这两个函数返回无形中有两条线，所有指定的基因中，两组的平均表达值矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Gabor Csardi <a href="mailto:Gabor.Csardi@unil.ch">Gabor.Csardi@unil.ch</a>



参考文献----------References----------

analysis of large-scale gene expression data Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2003 Mar;67(3 Pt 1):031902. Epub 2003 Mar 11.

参见----------See Also----------

The GOmnplot and KEGGmnplot functions in the annotate
GOmnplot和KEGGmnplotannotate功能


举例----------Examples----------


data(ALLModulesSmall)
library(ALL)
data(ALL)
group <- ifelse(grepl("^B", ALL$BT), "B-cell", "T-cell")
ISAmnplot(ALLModulesSmall, 2, ALL, norm="feature", group=group)

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