R语言 eisa包 ISASweep()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ISASweep(eisa)
ISASweep()所属R语言包：eisa

                                        Create an ISA module tree
                                         创建一个ISA模块树

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions create and plot the hierarchical description of an expression data set, by applying the ISA with various thresholds, and connecting the related modules. See details below.
这些功能创建和绘制的表达数据集的分层描述，采用不同的阈值的ISA，连接相关模块。详见下文。


用法----------Usage----------


ISASweep (expset, modules, ...)
ISASweepGraph (sweep.result)
ISASweepGraphPlot (graph, vertex.label=V(graph)$id,
  vertex.label.topleft=NA, vertex.label.topright=NA,
  vertex.label.bottomleft=NA, vertex.label.bottomright=NA,
  vertex.label.cex=0.8, edge.label=NA, asp=FALSE, rescale=FALSE,
  xlim=range(graph$layout[,1]), ylim=range(graph$layout[,2]),
  thresholds=TRUE, xlab=NA, ylab=NA, ...)



参数----------Arguments----------

参数：expset
The expression set object, if it is not an ISAExpressionSet, then ISANormalize is called on it.
表达集对象，如果它不是一个ISAExpressionSet，ISANormalize呼吁。


参数：modules
An ISAModules object.
ISAModules对象。


参数：...
Additional arguments. ISASweep passes these to isa.sweep; ISASweepGraphPlot passes additional arguments to plot.igraph.
额外的参数。 ISASweep通过这些isa.sweep;ISASweepGraphPlotplot.igraph额外的参数传递。


参数：sweep.result
An ISAModules object that contains the sweep tree information as well.
一个ISAModules对象以及包含扫描树信息。


参数：graph
An igraph graph object, the sweep tree.
一个IGRAPH图形对象，扫描树。


参数：vertex.label
Vertex labels, by default the ids of the modules.
顶点的标签，默认模块的ID。


参数：vertex.label.topleft
Vertex labels to put at the top left corner.
在左上角的顶点标签。


参数：vertex.label.topright
Vertex labels to put at the top right corner.
顶点的标签，在右上角。


参数：vertex.label.bottomleft
Vertex labels to put at the bottom left corner.
顶点标签放置在左下角。


参数：vertex.label.bottomright
Vertex labels to put at the bottom right corner.
顶点标签放置在右下角。


参数：vertex.label.cex
Magnification factor for the vertex labels.
放大倍数为顶点的标签。


参数：edge.label
Edge labels.
边标签。


参数：asp
Logical scalar, whether the plot should have 1:1 aspect ratio.
逻辑标量，图是否应具有1:1的长宽比。


参数：rescale
Logical scalar, whether to rescale the layout coordinates to the [-1,1] interval.
逻辑标量，是否要重新调整布局的坐标[1,1]区间。


参数：xlim
Numeric vector of length two, the X limits of the plot.
数字矢量长度，图的X限制。


参数：ylim
Numeric vector of length two, the Y limits of the plot.
数字矢量长度为二，图的Y限制。


参数：thresholds
Logical scalar, whether to add the (non-constant) thresholds to the plot.
逻辑标量，是否添加（非固定）阈值的图。


参数：xlab
The label of the horizontal axis, by default omitted.
横轴的标签，默认情况下，省略。


参数：ylab
The label of the vertical axis, by default omitted.
垂直轴的标签，默认情况下，省略。


Details

详情----------Details----------

The ISA uses two threshold parameters that tune the sizes of the transcription modules. The sweep graph of an expression set is defined as the following. It is a directed graph, where the vertices are ISA modules, found at some threshold parameter values. There is an edge from module A to module B, if using 1) (the genes of) module A as the seed vector and 2) the threshold parameters used to find module B, the ISA converges to module B.
在ISA使用两个阈值参数调整的转录模块的大小。被定义为以下表达式集扫描图。这是一个有向图，其中顶点是ISA模块，发现在一些阈值参数值。有一个从模块边缘的一个模块B，如果使用1）（基因）模块一个种子的向量和2）阈值参数用来查找模块B，ISA收敛到模块B

The ISASweep function creates an ISA sweep tree, in which one threshold parameter is kept fixed and the other varies. It starts from the modules found at the most stringent (=highest) threshold parameters, and uses them individually as seeds at the next less stringent threshold level. If this ISA iteration converges to an already known module, then an edge of the sweep tree is found. If the iteration converges to a new module, then this is added to the module list, together with the sweep tree edge. Then we proceed with the next level of modules, towards the less stringent threshold parameters.
ISASweep函数创建一个ISA扫描树，保持固定在一个阈值参数等各种。它从最严格的（最高）的阈值参数模块，并使用它们作为种子分别在未来的较宽松的阈值水平。如果这个ISA迭代收敛到一个已知的模块，然后扫描树边被发现。如果迭代收敛到一个新的模块，然后添加到模块列表，连同扫描树边。然后，我们继续与下一级的模块，对不那么严格的阈值参数。

The ISASweepGraph function creates a graph object that corresponds to the sweep tree of the expression set.
ISASweepGraph函数创建一个图形对象，对应的表达集扫描树。

The ISASweepGraphPlot function plots a graph created with ISASweepGraph.
ISASweepGraphPlot功能图与ISASweepGraph创建一个图形。


值----------Value----------

ISASweep returns an ISAModules object, with some seed data added.
ISASweep返回一个ISAModules对象，添加一些种子数据。

ISASweepGraph returns an igraph graph object.
ISASweepGraph返回IGRAPH的图形对象。

ISASweepGraphPlot returns NULL, invisibly.
ISASweepGraphPlotNULL，无形中返回。


作者（S）----------Author(s)----------


Gabor Csardi <a href="mailto:Gabor.Csardi@unil.ch">Gabor.Csardi@unil.ch</a>



参考文献----------References----------

analysis of large-scale gene expression data Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2003 Mar;67(3 Pt 1):031902. Epub 2003 Mar 11.

举例----------Examples----------


library(ALL)
data(ALL)

varLimit <- 0.5
kLimit <- 4
ALimit <- 5
flist <- filterfun(function(x) var(x)>varLimit, kOverA(kLimit,ALimit))
ALL.filt <- ALL[genefilter(ALL, flist), ]
ALL.filt2 <- ALL.filt[, grepl("^B", ALL.filt$BT)]

# Run ISA[运行ISA]
set.seed(1)
modules <- ISA(ALL.filt2, flist=NA, thr.gene=seq(2,4,by=0.5), thr.cond=1)

# Do the sweep[做扫描]
modules2 <- ISASweep(ALL.filt2, modules)
modules2

# Plot it[图]
G <- ISASweepGraph(modules2)
if (interactive()) {
  ISASweepGraphPlot(G)
}

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