R语言 eisa包 ISAExpressionSet-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ISAExpressionSet-class(eisa)
ISAExpressionSet-class()所属R语言包：eisa

                                        Expression Set, normalized for using with ISA
                                         表达式设置，使用与ISA标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

An ExpressionSet object (Biobase package) that contains expression values normalized for use with the Iterative Signature Algorithm.
ExpressionSet对象（Biobase包），其中包含与使用规范化的表达值迭代的签名算法。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'ISAExpressionSet'
featExprs(object)
## S4 method for signature 'ISAExpressionSet'
sampExprs(object)

## S4 method for signature 'ISAExpressionSet'
hasNA(object)
## S4 replacement method for signature 'ISAExpressionSet'
hasNA(object) <- value

## S4 method for signature 'ISAExpressionSet'
prenormalized(object)
## S4 replacement method for signature 'ISAExpressionSet'
prenormalized(object) <- value



参数----------Arguments----------

参数：object
An ISAExpressionSet object.
ISAExpressionSet对象。


参数：value
A logical scalar, new value of the hasNA or prenormalized attribute.
逻辑标量，hasNA或prenormalized属性的新值。


Details

详情----------Details----------

An ISAExpressionSet contains three expression matrices.
ISAExpressionSet包含三个表达矩阵。

In most cases, when then ISAExpressionSet was produced by the ISANormalize function, these are: the original, raw data, the feature-wise scaled and centered data and the sample-wise scaled and centered data.
在大多数情况下，当时ISAExpressionSetISANormalize函数产生，这些都是原来，原始数据，功能方面的规模和中心的数据和样品明智的规模和中心的数据。

Two additional methods were defined to access the extra matrices: featExprs returns the feature-wise standardized data, sampExprs the sample-wise standardized one.
两个额外的方法被定义为获得额外的矩阵：featExprs返回的功能明智的标准化数据，sampExprs样品明智的标准化之一。

The hasNA function returns TRUE if NA or NaN values appear in at least one of the expression matrices.
hasNA函数返回TRUE如果NA或NaN值出现在至少一个表达矩阵。

The prenormalized function returns TRUE if the data was prenormalized, see ISANormalize for details.
prenormalized函数返回TRUE如果数据prenormalized，看到ISANormalize详情。


值----------Value----------

featExprs and sampExprs both return a matrix.
featExprs和sampExprs都返回一个矩阵。

hasNA and prenormalized return a logical vector of length one.
hasNA和prenormalized返回一个长度为1的逻辑向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Gabor Csardi <a href="mailto:Gabor.Csardi@unil.ch">Gabor.Csardi@unil.ch</a>



参考文献----------References----------

analysis of large-scale gene expression data Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2003 Mar;67(3 Pt 1):031902. Epub 2003 Mar 11.

参见----------See Also----------

ISANormalize, ExpressionSet in the Biobase package.
ISANormalize，ExpressionSetBiobase包。


举例----------Examples----------


library(ALL)
data(ALL)

# Do the normalization[做标准化]
ALL.normed <- ISANormalize(ALL)
class(ALL.normed)
dim(exprs(ALL.normed))
dim(featExprs(ALL.normed))
dim(sampExprs(ALL.normed))

# Check that we indeed have Z-scores[检查我们确实有Z分数]
all(abs(apply(featExprs(ALL.normed), 2, mean) ) < 1e-12)
all(abs(1-apply(featExprs(ALL.normed), 2, sd)) < 1e-12)

all(abs(apply(sampExprs(ALL.normed), 1, mean) ) < 1e-12)
all(abs(1-apply(sampExprs(ALL.normed), 1, sd)) < 1e-12)

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