R语言 edgeR包 splitIntoGroups()函数中文帮助文档(中英文对照)

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splitIntoGroups(edgeR)
splitIntoGroups()所属R语言包：edgeR

                                        Split the Counts or Pseudocounts from a DGEList Object According To Group
                                         根据集团分裂的从DGEList对象的计数或Pseudocounts的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Split the counts from a DGEList object according to group, creating a list where each element consists of a numeric matrix of counts for a particular experimental group. Given a pair of groups, split pseudocounts for these groups, creating a list where each element is a matrix of pseudocounts for a particular gourp.
分裂计数从DGEList对象按照组，创建一个列表，其中每个元素由一个特定的实验组数的数字矩阵。鉴于一组，的分裂pseudocounts为这些群体，创建一个列表，其中每个元素是一个特定gourp pseudocounts的矩阵。


用法----------Usage----------


splitIntoGroups(object)
splitIntoGroupsPseudo(pseudo, group, pair)



参数----------Arguments----------

参数：object
DGEList, object containing (at least) the elements counts (table of raw counts), group (factor indicating group) and lib.size (numeric vector of library sizes)
DGEList，对象，其中包含（至少）的元素counts（原始计数表），group（因子组）和lib.size（数字图书馆大小的向量）


参数：pseudo
numeric matrix of quantile-adjusted pseudocounts to be split
位数调整后的数字矩阵pseudocounts被分裂


参数：group
factor indicating group to which libraries/samples (i.e. columns of pseudo belong; must be same length as ncol(pseudo)
因素表明组库/样本（即pseudo属于列，必须是相同的长度为NCOL（伪）


参数：pair
vector of length two stating pair of groups to be split for the pseudocounts
长度向量说明群体对被分裂的pseudocounts


值----------Value----------

splitIntoGroups outputs a list in which each element is a matrix of count counts for an individual group. splitIntoGroupsPseudo outputs a list with two elements, in which each element is a numeric matrix of (pseudo-)count data for one of the groups specified.
splitIntoGroups输出一个列表，其中每个元素是一个个人组的计数计数的矩阵。 splitIntoGroupsPseudo输出有两个元素的列表，其中每个元素是一个数字矩阵（伪）为指定的群体之一计数数据。


作者（S）----------Author(s)----------


Davis McCarthy



举例----------Examples----------


# generate raw counts from NB, create list object[来自NB生成的原始计数，创建列表对象]
y<-matrix(rnbinom(80,size=1,mu=10),nrow=20)
d<-DGEList(counts=y,group=rep(1:2,each=2),lib.size=rep(c(1000:1001),2))
rownames(d$counts)<-paste("tagno",1:nrow(d$counts),sep=".")
z1<-splitIntoGroups(d)

z2<-splitIntoGroupsPseudo(d$counts,d$group,pair=c(1,2))

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