R语言 edgeR包 logLikDerP()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

logLikDerP(edgeR)
logLikDerP()所属R语言包：edgeR

                                        Log-Likelihood for Proportion
                                         对数似然的比例

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Log-likelihood and derivatives for the proportion parameter (i,e, expression level) of negative binomial (mean = library size * proportion)
log的可能性和衍生工具的比例负二项分布参数（I，E，表达水平）（平均=库的大小*比例）


用法----------Usage----------


logLikDerP(p, y, lib.size, r, der = 0)



参数----------Arguments----------

参数：p
vector of proportion parameters to be evaluated
向量的比例参数进行评估


参数：y
matrix of counts
计数矩阵


参数：lib.size
vector of library sizes
库大小的向量


参数：r
size parameter of negative binomial distribution
负二项分布的大小参数


参数：der
derivative, either 0 (the function), 1 (first derivative) or 2 (second derivative)
衍生工具，0（功能），1（一阶导数）或2（二阶导数）


值----------Value----------

vector of the likelihood or specified derivative evaluations for each tag/gene
向量为每个标签/基因的可能性或指定的衍生工具评估


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson, Davis McCarthy



参见----------See Also----------

estimatePs calls logLikDerP as part of the procedure for estimating the expression level(s) of each tag.
estimatePs要求logLikDerP估计每个标签（S）的表达水平的过程的一部分。


举例----------Examples----------


y<-matrix(rnbinom(20,size=1.5,mu=10),nrow=5)
d<-DGEList(counts=y,group=rep(1:2,each=2),lib.size=rep(c(1000:1001),2))

this.p<-rowMeans( y/ outer(rep(1,nrow(y)),d$samples$lib.size) )
d1p<-logLikDerP(this.p,y,d$samples$lib.size,r=1.5,der=1)

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