R语言 edgeR包 estimatePs()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

estimatePs(edgeR)
estimatePs()所属R语言包：edgeR

                                        Estimate Expression Levels
                                         估计表达水平

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate expression levels (i.e. proportion of all sample mRNA corresponding to each tag; or, concentration of mRNA for each tag in sample mRNA) using maximum likelihood with dispersion parameter fixed based on the negative binomial model for each tag/gene and sample group. Expression proportions are used to determine overall abundance of each tag/gene and differential expression of tags/genes between groups.
根据每个标记/基因组样本的负二项式模型估计的表达水平（即每个标签对应的所有样品中mRNA的比例;，每个标签在样品中mRNA表达的浓度），使用分散参数的最大似然固定。表达比例被用来确定各群体之间的基因标记/标签/基因差异表达的整体丰度。


用法----------Usage----------


estimatePs(object, r, tol = 1e-10, maxit = 30)



参数----------Arguments----------

参数：object
list containing (at least) the elements counts (table of counts), group (vector or factor indicating group) and lib.size (numeric vector of library sizes)
元素列表，其中包含（至少）counts（表数），group（矢量或因素表明组）和lib.size（数字图书馆大小的向量）


参数：r
numeric vector providing the size parameter of negative binomial model (size = 1/phi where phi is the dispersion parameter in the NB model)
数字向量提供负二项式模型的大小参数（size=1/phi其中phi是分散在NB模型参数）


参数：tol
numeric scalar, tolerance between iterations
数字标量，迭代之间的宽容


参数：maxit
positive integer scalar, maximum number of iterations
正整数标量，最大迭代次数


Details

详情----------Details----------

The Newton-Raphson method is used to calculate iteratively the maximum likelihood estimate of the expression level (i.e. concentration of mRNA for a particular tag in the sample mRNA) for each tag/gene.
Newton-Raphson方法迭代用于计算每个标签/基因的表达水平（即mRNA的含量在样品中mRNA的特定标记）的最大似然估计。


值----------Value----------

A list with elements:
与元素的列表：


参数：conc.common
numeric vector giving overall proportion/concentration for each tag
数值向量，使整体比例/浓度为每一个标签


参数：conc.group
numeric matrix with columns giving estimates of tag/gene concentrations (proportion of total RNA for that group that that particular tag/gene contributes) for different groups)
列给不同群体的基因标记/浓度（特定标记/基因有助于该组的总RNA的比例）估计的数字矩阵）


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson, Davis McCarthy



举例----------Examples----------


set.seed(0)
y<-matrix(rnbinom(40,size=1,mu=10),ncol=4)
d<-DGEList(counts=y,group=rep(1:2,each=2),lib.size=rep(c(1000:1001),2))
conc<-estimatePs(d,r=1)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。