R语言 edgeR包 estimateExonGenewiseDisp()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

estimateExonGenewiseDisp(edgeR)
estimateExonGenewiseDisp()所属R语言包：edgeR

                                        Estimate Genewise Dispersions from Exon-Level Count Data
                                         从外显子级计数数据估计2-6。分散

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate a dispersion value for each gene from exon-level count data by collapsing exons into the genes to which they belong.
从崩溃到它们所属的基因外显子外显子级计数数据估计为每一个基因的色散值。


用法----------Usage----------


estimateExonGenewiseDisp(y, geneID, group=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：y
either a matrix of exon-level counts or a DGEList object with (at least) elements counts (table of counts summarized at the exon level) and samples (data frame containing information about experimental group, library size and normalization factor for the library size). Each row of y should represent one exon.
无论是外显子级计数矩阵或DGEList（至少）元素的对象counts（外显子水平在总结数表）和samples（数据框包含的信息，有关实验组，库的大小和规范化因子库的大小）。每个y行应该代表一个外显子。


参数：geneID
vector of length equal to the number of rows of y, which provides the gene identifier for each exon in y. These identifiers are used to group the relevant exons into genes for the gene-level analysis of splice variation.
矢量长度y，它提供了每个y的外显子基因标识的行数相等的。这些标识符用于分组到有关的外显子剪接变异基因水平分析基因。


参数：group
factor supplying the experimental group/condition to which each sample (column of y) belongs. If NULL (default) the function will try to extract if from y, which only works if y is a DGEList object.
因素提供实验组/条件，每个样品属于（y列）。如果NULL（默认）函数将尝试提取如果从y，这只是如果y是DGEList对象。


Details

详情----------Details----------

This function can be used to compute genewise dispersion estimates (for an experiment with a one-way, or multiple group, layout) from exon-level count data. estimateCommonDisp and estimateTagwiseDisp are used to do the computation and estimation, and the default arguments for those functions are used.
此功能可用于计算2-6。分散估计与实验，一个单向或多个组，布局从外显子级计数数据。 estimateCommonDisp和estimateTagwiseDisp是用来做计算和估计，并使用这些功能的默认参数。


值----------Value----------

estimateExonGenewiseDisp returns a vector of genewise dispersion estimates, one for each unique geneID.
estimateExonGenewiseDisp返回一个2-6。分散估计，每一个独特的geneID的向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Davis McCarthy, Gordon Smyth



参见----------See Also----------

estimateCommonDisp and related functions for estimating the dispersion parameter for the negative binomial model.
estimateCommonDisp和色散为负二项分布模型参数估计的相关职能。


举例----------Examples----------


# generate exon counts from NB, create list object[来自NB产生外显子数，创建列表对象]
y<-matrix(rnbinom(40,size=1,mu=10),nrow=10)
d<-DGEList(counts=y,group=rep(1:2,each=2))
genes <- rep(c("gene.1","gene.2"), each=5)
estimateExonGenewiseDisp(d, genes)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。