R语言 edgeR包 DGEList()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DGEList(edgeR)
DGEList()所属R语言包：edgeR

                                         DGEList Constructor
                                         DGEList构造

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A function to create a DGEList object from a table of counts (rows=features, columns=samples), group indicator for each column, library size (optional) and a table of annotation (optional)
一个计数表函数来创建一个DGEList对象（行功能，列=样本），组为每个列的指标，库的大小（可选）表的注释（可选）


用法----------Usage----------


DGEList(counts = matrix(0, 0, 0), lib.size = NULL, norm.factors = NULL, group = rep.int(1,ncol(counts)), genes = NULL, remove.zeros = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：counts
numeric matrix containing the read counts.
读计数的数字矩阵。


参数：lib.size
numeric vector containing the total to normalize against for each sample (optional)
数字向量总标准化，对每个样品（可选）


参数：norm.factors
numeric vector containing normalization factors (optional, defaults to all 1)
数字向量标准化因素（可选，默认为全1）


参数：group
vector giving the experimental group/condition for each sample/library
向量给实验组的每个样品/图书馆/条件


参数：genes
data frame containing annotation information for the tags/transcripts/genes for which we have count data (optional).
数据框包含注释信息的标签/成绩单/基因，而我们有计数数据（可选）。


参数：remove.zeros
whether to remove rows that have 0 total count; default is FALSE so as to retain all information in the dataset
是否要删除行，有0总数;默认为FALSE以保留在DataSet中的所有信息


Details

详情----------Details----------

If no lib.size argument is passed to the constructor, the column totals are used.
如果没有lib.size参数传递给构造函数，列总计。

The optional genes argument supplies a data.frame of annotation for each row or feature.
可选genes参数提供了一个数据框每行或功能的注释。


值----------Value----------

a DGEList object
DGEList对象


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson, Davis McCarthy, Gordon Smyth



参见----------See Also----------

DGEList-class
DGEList-class


举例----------Examples----------


y <- matrix(rnbinom(10000,mu=5,size=2),ncol=4)
d <- DGEList(counts=y, group=rep(1:2,each=2), lib.size=colSums(y))

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