cpm(edgeR)
cpm()所属R语言包：edgeR
Calculate Counts per Million from DGEList or Matrix Object
每百万计算从DGEList或Matrix对象计数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Returns counts per million from a DGEList or matrix object by dividing raw counts by library size (which can be normalized) and multiplying by one million.
返回库的大小（可归）除以原始计数和乘以100万，每百万计数，从DGEList或矩阵对象。
用法----------Usage----------
cpm(x, normalized.lib.sizes=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：x
either a matrix of counts or a DGEList object with (at least) elements counts (table of unadjusted counts) and samples (data frame containing information about experimental group, library size and normalization factor for the library size)
无论是矩阵的计数或DGEList（至少）元素的对象counts未经调整数（表）和samples（数据框，其中包含有关实验组的资料库的大小和标准化的因素库的大小）
参数：normalized.lib.sizes
logical, should the library sizes (total sum of counts for each library) be normalized using the norm.factors component of the DGEList object? Ignored (with a warning) if x is a count matrix.
逻辑，应该使用norm.factorsDGEList对象组件库的大小（每个库的计数总和）被归？忽略（警告）如果x是一个计数矩阵。
Details
详情----------Details----------
A convenience function to compute the counts per million for plotting and comparing libraries on a convenient scale. Essentially just does the calculation 1e06*t(t(x)/lib.size) to produce counts per million, where x is a matrix of counts and the lib.size can be the total sum of counts in each library or a normalized version of this using TMM normalization or equivalent method.
一项方便的功能来计算图和比较方便的规模图书馆每百万计数。基本上只是计算1e06*t(t(x)/lib.size)每万美元，生产数x是一个矩阵的计数和lib.size可以计数的总和，在每个库或归此版本使用TMM的标准化或等效的方法。
值----------Value----------
getPriorN returns a numeric scalar
getPriorN返回一个数字标
作者（S）----------Author(s)----------
Davis McCarthy, Gordon Smyth
参见----------See Also----------
DGEList for more information about the DGEList class.
DGEListDGEList类的更多信息。
举例----------Examples----------
# generate raw counts from NB, create list object[来自NB生成的原始计数，创建列表对象]
y<-matrix(rnbinom(20,size=1,mu=10),nrow=5)
cpm(y)
d<-DGEList(counts=y,group=rep(1:2,each=2),lib.size=rep(c(1000:1001),2))
# When applied to a DGEList object, x$samples$lib.size is used[当应用到DGEList对象，使用X $样品$ lib.size]
cpm(d)
# As x$samples$lib.size here is very different from colSums(y), cpm(y) and cpm(d) give very different results for the counts per million[由于X $样品$ lib.size这里是非常不同的colSums（Y），CPM（Y）和CPM（四）给予每百万计数非常不同的结果]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 17:04:20
