condLogLikDerSize(edgeR)
condLogLikDerSize()所属R语言包:edgeR
Log-Likelihood of the Common Dispersion for a Single Equalized Group
单均等化集团共同分散log的可能性
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Derivatives of the conditional negative-binomial log-likelihood (for each tag/transcript) with respect to the common dispersion parameter, for a single group of replicate libraries of the same size.
条件负二项分布log的可能性(每个标签/成绩单)衍生物与常见的色散参数方面,单组一个同样大小的复制库。
用法----------Usage----------
condLogLikDerSize(y, r, der=1)
参数----------Arguments----------
参数:y
matrix of (pseudo) count data
(伪)计数数据矩阵
参数:r
size parameter of negative binomial distribution
负二项分布的大小参数
参数:der
order of derivative required, either 0 (the function), 1 (first derivative) or 2 (second derivative)
衍生金融工具的需要,0(功能),1(一阶导数)或2(第二个衍生)
Details
详情----------Details----------
The library sizes must be equalized before running this function. This function carries out the actual mathematical computations for the conditional log-likelihood and its derivatives, calculating the conditional log-likelihood for each tag/transcript.
库大小必须运行此功能前扳平。此功能进行了实际条件对数似然及其衍生物的数学计算,计算每个标签/成绩单条件的记录的可能性。
值----------Value----------
vector of function/derivative evaluations, one for each transcript
向量功能/衍生评价,每个成绩单
作者(S)----------Author(s)----------
Mark Robinson, Davis McCarthy
举例----------Examples----------
y <- matrix(rnbinom(10,size=1,mu=10),nrow=5)
condLogLikDerSize(y,r=1,der=1)
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注:
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