R语言 EDASeq包 newSeqExpressionSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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newSeqExpressionSet(EDASeq)
newSeqExpressionSet()所属R语言包：EDASeq

                                         Function to create a new <a href="../../EDASeq/help/SeqExpressionSet%2dclass">SeqExpressionSet</a> object.
                                         函数创建一个新的<a href="../../EDASeq/help/SeqExpressionSet%2dclass"> SeqExpressionSet </ a>的对象。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

User-level function to create new objects of the class SeqExpressionSet.
用户级别的功能，创建新的对象类SeqExpressionSet。


用法----------Usage----------


newSeqExpressionSet(exprs, offset=matrix(data=0,nrow=nrow(exprs),ncol=ncol(exprs),dimnames=dimnames(exprs)), phenoData=annotatedDataFrameFrom(exprs, FALSE), featureData=annotatedDataFrameFrom(exprs, TRUE), ...)



参数----------Arguments----------

参数：exprs
A matrix containing the counts for an RNA-Seq experiment. One column for each lane and one row for each gene.  
矩阵包含一个RNA-Seq的实验计数。每个车道和一排，每个基因的一列。


参数：offset
A matrix with the same dimensions of exprs defining the offset (usually useful for normalization purposes). See the package vignette for a discussion on the offset.  
与尺寸相同的矩阵exprs定义偏移（通常是有用的标准化的目的）。看到包暗角偏移的讨论。


参数：phenoData
A data.frame or AnnotatedDataFrame with sample information, such as biological condition, library preparation protocol, flow-cell,...  
数据框或AnnotatedDataFrame样本资料库准备的协议，流通池，生物条件，如...


参数：featureData
A data.frame or AnnotatedDataFrame with feature information, such as gene length, GC-content, ...  
数据框或AnnotatedDataFrame特征信息，如基因的长度，GC含量，...


参数：...
Other arguments will be passed to the constructor inherited from eSet.  
其他参数将被传递到从eSet继承了构造。


值----------Value----------

An object of class SeqExpressionSet.
对象类SeqExpressionSet。


作者（S）----------Author(s)----------



Davide Risso




参见----------See Also----------

SeqExpressionSet
SeqExpressionSet


举例----------Examples----------


exprs <- matrix(data=0,nrow=100,ncol=4)
for(i in 1:4) {
exprs[,i] <- rpois(100,lambda=50)
}
cond <- c(rep("A",2),rep("B",2))

counts <- newSeqExpressionSet(exprs,phenoData=data.frame(conditions=cond))


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