R语言 EDASeq包 EDASeq-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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EDASeq-package(EDASeq)
EDASeq-package()所属R语言包：EDASeq

                                        Exploratory Data Analysis and Normalization for RNA-Seq data
                                         RNA序列数据的探索性数据分析和规范化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Numerical summaries and graphical representations of some key features of the data along with implementations of both within-lane normalization methods for GC content bias and between-lane normalization methods to adjust for sequencing depth and possibly other differences in distribution.
数值摘要和图形表示，随着GC含量偏见和车道间标准化的方法来调整测序深度和其他方面的差异可能分布的两个车道内归一化方法实现数据的一些主要特点。


Details

详情----------Details----------

The SeqExpressionSet class is used to store gene-level counts along with sample information. It extends the virtual class eSet. See the help page of the class for details.
SeqExpressionSet类是用来存储随着样本信息的基因水平计数。它扩展了虚拟类eSet。类详情参见帮助页面。

"Read-level" information is managed via the FastqFileList and BamFileList classes of Rsamtools.
“阅读级别”的信息通过FastqFileList和BamFileList类Rsamtools管理。

Most used graphic tools for the FastqFileList and BamFileList objects are: 'barplot', 'plotQuality', 'plotNtFrequency'. For SeqExpressionSet objects are: 'biasPlot', 'meanVarPlot', 'MDPlot'.
最常用的图形工具FastqFileList和BamFileList对象是：“barplot，plotQuality，plotNtFrequency”。 SeqExpressionSet对象是：“biasPlot，meanVarPlot，MDPlot。

To perform gene-level normalization use the functions 'withinLaneNormalization' and 'betweenLaneNormalization'.
执行基因水平标准化，使用的功能“withinLaneNormalization”和“betweenLaneNormalization”。

An 'As' method exists to coerce SeqExpressionSet objects to CountDataSet objects (DESeq package).
一个为方法存在强迫SeqExpressionSet对象（CountDataSet包）DESeq对象。

See the package vignette for a typical Exploratory Data Analysis example.
看到一个典型的探索性数据分析的例子包小插曲。


作者（S）----------Author(s)----------



Davide Risso and Sandrine Dudoit.
Maintainer: Davide Risso <risso.davide@gmail.com>




参考文献----------References----------



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注：
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