R语言 EDASeq包 betweenLaneNormalization-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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betweenLaneNormalization-methods(EDASeq)
betweenLaneNormalization-methods()所属R语言包：EDASeq

                                         Methods for Function betweenLaneNormalization in Package EDASeq
                                         为函数在包装EDASeq betweenLaneNormalization方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Between-lane normalization for sequencing depth and possibly other distributional differences between lanes.
测序深度和其他可能的分布差异之间的车道，车道之间的标准化。


用法----------Usage----------


betweenLaneNormalization(x, which=c("median","upper","full"), offset=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
A numeric matrix representing the counts or a SeqExpressionSet object.
一个数字矩阵代表计数或SeqExpressionSet对象。


参数：which
Method used to normalized. See the details section and the reference below for details.
使用的方法来归。看到细节部分和参考下面的细节。


参数：offset
Should the normalized value be returned as an offset leaving the original counts unchanged?
应该归一化值返回一个偏移离开原来的数量不变？


Details

详情----------Details----------

This method implements three normalizations described in Bullard et al. (2010). The methods are:
这种方法实现了布拉德等三个归。 （2010年）。其方法是：




median: a scaling normalization that forces the median of each lane to be the same.
median：一个比例标准化，迫使每个车道的中位数是相同的。




upper: the same but with the upper quartile.
upper：相同的，但与上四分位数。




full: a non linear full quantile normalization, in the spirit of the one used in microarrays.
full：非线性充分位数标准化，在芯片中使用的精神。


方法----------Methods----------

It returns a matrix with the normalized counts if offset=FALSE or with the offset if offset=TRUE.
它返回矩阵如果offset=FALSE如果offset=TRUE或偏移归计数。

It returns a linkS4class{SeqExpressionSet} with the normalized counts in the exprs slot if offset=FALSE or with the offset in the offset slot and the original counts in the exprs slot if offset=TRUE.
它返回一个linkS4class{SeqExpressionSet}插槽归计数exprs如果offset=FALSE或offsetexprs插槽插槽和原始计数抵消如果offset=TRUE。


作者（S）----------Author(s)----------



Davide Risso.




参考文献----------References----------




举例----------Examples----------


library(yeastRNASeq)
data(geneLevelData)
data(yeastGC)

sub <- intersect(rownames(geneLevelData),names(yeastGC))

mat <- as.matrix(geneLevelData[sub,])

data <- newSeqExpressionSet(mat,phenoData=AnnotatedDataFrame(data.frame(conditions=factor(c("mut","mut","wt","wt")),row.names=colnames(geneLevelData))),featureData=AnnotatedDataFrame(data.frame(gc=yeastGC[sub])))

norm <- betweenLaneNormalization(data,which="full",offset=FALSE)


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