R语言 ecolitk包 polygonChrom()函数中文帮助文档(中英文对照)

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polygonChrom(ecolitk)
polygonChrom()所属R语言包：ecolitk

                                         Functions to plot circular chromosomes informations
                                         函数绘制环状染色体信息

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions to plot circular chromosomes informations
函数绘制环状染色体信息


用法----------Usage----------


cPlotCircle(radius=1, xlim=c(-2, 2), ylim=xlim, edges=300, main=NULL,
            main.inside, ...)

chromPos2angle(pos, len.chrom, rot=pi/2, clockwise=TRUE)

polygonChrom(begin, end, len.chrom, radius.in, radius.out,
             total.edges = 300,
             edges = max(round(abs(end - begin)/len.chrom *
                     total.edges), 2, na.rm = TRUE),
             rot = pi/2, clockwise = TRUE, ...)

linesChrom(begin, end, len.chrom, radius,
             total.edges = 300,
             edges = max(round(abs(end - begin)/len.chrom *
                     total.edges), 2, na.rm = TRUE),
             rot = pi/2, clockwise = TRUE, ...)

ecoli.len



参数----------Arguments----------

参数：radius
radius
半径


参数：xlim, ylim
range for the plot. Can be used to zoom-in a particular region.
图的范围。可用于在某一特定区域放大。


参数：pos
position (nucleic base coordinate)
位置（核酸的基本坐标）


参数：begin
begining of the segment (nucleic base number).  
段begining（核酸基数）。


参数：end
end of the segment (nucleic base number).  
段年底（核酸基数）。


参数：len.chrom
length of the chromosome in base pairs  
染色体碱基长度


参数：radius.in
inner radius  
内径


参数：radius.out
outer radius  
外半径


参数：total.edges
total number of edges for the chromosome
染色体边总数


参数：edges
number of edges for the specific segment(s)  
特定段的边数（S）


参数：rot
rotation (default is pi / 2, bringing the angle zero at 12 o'clock)
旋转（默认是pi / 2，使角零12点钟）


参数：clockwise
rotate clockwise. Default to TRUE.   
顺时针旋转。默认TRUE。


参数：main, main.inside
main titles for the plot
图的主标题


参数：...
optional graphical parameters  
可选的图形参数


Details

详情----------Details----------

The function chromPos2angle is a convenience function. The variable ecoli.len contains the size of the Escheria coli genome considered (K12).
功能chromPos2angle是一个方便的功能。变量ecoli.len包含大小认为Escheria大肠杆菌基因组（K12的）。


值----------Value----------

Except chromPos2angle, the function are solely used for their border effects.
除了chromPos2angle，功能仅用于为他们的边界效应。


作者（S）----------Author(s)----------


laurent <laurent@cbs.dtu.dk>



举例----------Examples----------



data(ecoligenomeSYMBOL2AFFY)
data(ecoligenomeCHRLOC)

## find the operon lactose ("lac*" genes)[乳糖操纵子（“LAC *”基因）]
lac.i <- grep("^lac", ls(ecoligenomeSYMBOL2AFFY))
lac.symbol <- ls(ecoligenomeSYMBOL2AFFY)[lac.i]
lac.affy <- unlist(lapply(lac.symbol, get, envir=ecoligenomeSYMBOL2AFFY))

beg.end <- lapply(lac.affy, get, envir=ecoligenomeCHRLOC)
beg.end <- matrix(unlist(beg.end), nc=2, byrow=TRUE)

lac.o <- order(beg.end[, 1])

lac.i <- lac.i[lac.o]
lac.symbol <- lac.symbol[lac.o]
lac.affy <- lac.affy[lac.o]
beg.end <- beg.end[lac.o, ]

lac.col <- rainbow(length(lac.affy))

par(mfrow=c(2,2))

## plot[＃积]

cPlotCircle(main="lac genes")
polygonChrom(beg.end[, 1], beg.end[, 2], ecoli.len, 1, 1.2, col=lac.col)
rect(0, 0, 1.1, 1.1, border="red")

cPlotCircle(xlim=c(0, 1.2), ylim=c(0, 1.1))
polygonChrom(beg.end[, 1], beg.end[, 2], ecoli.len, 1, 1.1, col=lac.col)
rect(0.4, 0.8, 0.7, 1.1, border="red")

cPlotCircle(xlim=c(.45, .5), ylim=c(.85, 1.0))
polygonChrom(beg.end[, 1], beg.end[, 2], ecoli.len, 1, 1.03, col=lac.col)

mid.genes <- apply(beg.end, 1, mean)
mid.angles <- chromPos2angle(mid.genes, ecoli.len)
xy <- polar2xy(1.03, mid.angles)
xy.labels <- data.frame(x = seq(0.45, 0.5, length=4), y = seq(0.95, 1.0, length=4))
segments(xy$x, xy$y, xy.labels$x, xy.labels$y, col=lac.col)
text(xy.labels$x, xy.labels$y, lac.symbol, col=lac.col)


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