R语言 dyebias包 dyebias.boxplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dyebias.boxplot(dyebias)
dyebias.boxplot()所属R语言包：dyebias

                                        Creates boxplots of the reporters with the strongest dye bias
                                         创建具有最强的染料偏见的记者的盒状图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The aim of this routine is to show the magnitude of the dye bias across the data set, as well as the extent to which the GASSCO method could get rid of it.  Typically, two boxplots would be shown, one before, one after dye bias correction. For esthetic reasons, the boxplots are usually ordered by the overal slide bias of the uncorrected data set. See also Margaritis et al. (2009), Fig. 1 and 3.
这个程序的目的是显示整个数据集的大小染料偏见，以及何种程度上的GASSCO方法可以摆脱它。通常情况下，两个盒状图显示，一前，一前一后染料偏置校正。对于审美的原因，通常下令全部测试幻灯片偏见的裸数据集的盒状图。看到也Margaritis等。 （2009年），图。 1和3。


用法----------Usage----------



dyebias.boxplot <- function(data, iGSDBs, dyebias.percentile=5, application.subset=TRUE,
                            order, output=NULL,
                            ylim=c(-4,4),
                            \dots)



参数----------Arguments----------

参数：data
The marrayNorm object to boxplot.   
marrayNorm对象盒形图。


参数：iGSDBs
A data frame with intrinsic gene-specific dye biases, the same as that used in dyebias.apply.correction, probably returned by <br> dyebias.estimate.iGSDBs; see there for documentation.  
可能具有内在的特定基因的染料偏见，在dyebias.apply.correction使用相同的数据框，返回参考dyebias.estimate.iGSDBs;看到那里的文档。


参数：dyebias.percentile
The percentile of intrinsic gene specific dye biases (iGSDBs) for which to highlight the reporters.   
内在基因特定的染料偏见（iGSDBs）突出记者的百分位。


参数：application.subset
The set of reporters that was eligible for dye bias correction; same argument as for dyebias.apply.correction.  
dyebias.apply.correction记者资格染料偏差校正;同样的论点。


参数：order
If order==FALSE, no ordering of slides prior to boxplotting takes place.  If order==NULL, the slides are sorted by increasing slide bias prior to boxplotting. This is typically done for data that is not yet dye bias corrected.  This order is also returned as a value. If an order!=NULL, the slides are put this order before boxplotting.  This is typically done for a dye bias-corrected data set, using the order of the uncorrected set. (See also Fig. 3 in the paper).  
如果order==FALSE，没有顺序的幻灯片之前boxplotting发生。如果order==NULL，幻灯片进行排序，增加幻灯片偏见到boxplotting前。这通常是尚未染料偏差纠正的数据。这个顺序也返回一个值。如果一个的order!=NULL，幻灯片前boxplotting这个顺序。这通常是染料偏置校正数据集，使用裸集秩序。 （参见图的文件3）。


参数：output
Specifies the output. If NULL, the existing output device is used; if output is one of  "X11",       "windows", "quartz",  a new X11 (Unix)/windows (Windows)/quartz (Mac) device is created. If output is a string ending in one of ".pdf", ".png",     ".eps", ".ps" is given, a file of that name and type is created and closed afterwards.
指定输出。如果NULL，现有输出设备的使用; output如果是"X11",       "windows", "quartz"，一个新的X11（UNIX）/ /石英窗口（Windows）中（MAC）设备创建一个。 output如果是一个字符串“".pdf", ".png",     ".eps", ".ps"给出一个文件，名称和类型的创建和关闭后结束。


参数：ylim
As for boxplot()
boxplot()


参数：...
Other arguments (such as main, etc.) are passed on to boxplot().  
其他参数（如的main，等）传递boxplot()的。


值----------Value----------

The order obtained, for use in a later call to this same function.
为了获得，在以后的调用此相同的功能使用。


作者（S）----------Author(s)----------


Philip Lijnzaad <a href="mailto:p.lijnzaad@umcutrecht.nl">p.lijnzaad@umcutrecht.nl</a>



参考文献----------References----------

Kemmeren, P., van Hooff, S.R and Holstege, F.C.P. (2009) Adaptable gene-specific dye bias correction for two-channel DNA microarrays. Molecular Systems Biology, 5:266, 2009. doi: 10.1038/msb.2009.21.

参见----------See Also----------

dyebias.estimate.iGSDBs, dyebias.apply.correction, dyebias.rgplot, dyebias.maplot, dyebias.trendplot
dyebias.estimate.iGSDBs，dyebias.apply.correction，dyebias.rgplot，dyebias.maplot，dyebias.trendplot


举例----------Examples----------



                                       

  ylim <- c(-1, 1)

  layout(matrix(1:2, nrow=1,ncol=2))

  order <- dyebias.boxplot(data=data.norm,
                        iGSDBs=iGSDBs.estimated,  # from e.g. dyebias.estimate.iGSDBs[从如dyebias.estimate.iGSDBs]
                        order=NULL,               # i.e., order by increasing slide bias[即，为了增加幻灯片偏见]
                        output=NULL,
                        main="before correction",
                        ylim=ylim)

  order &lt;- dyebias.boxplot(data=correction$data.corrected, # from dyebias.apply.correction[从dyebias.apply.correction]
                        iGSDBs=iGSDBs.estimated,
                        order=order,              # order by the original slide bias[整理原始幻灯片偏见]
                        output=NULL,
                        main="after correction",
                        ylim=ylim
                        )


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